合作建房，是指由一方（以下簡稱甲方）提供土地使用權，另一方（以下簡稱乙方）提供資金，合作建房。合作建房的方式一般有兩種：
第一種方式是純粹的“以物易物”，即雙方以各自擁有的土地使用權和房屋所有權相互交換。具體的交換方式也有以下兩種：
1．土地使用權和房屋所有權相互交換，雙方都取得了擁有部分房屋的所有權。在這一合作過程中，甲方以轉讓部分土地使用權為代價，換取部分房屋的所有權，發生了轉讓土地使用權的行為；乙方則以轉讓部分房屋的所有權為代價，換取部分土地的使用權，發生了銷售不動產的行為。因而合作建房的雙方都發生了營業稅的應稅行為。對甲方應按“轉讓無形資產”稅目中的“轉讓土地使用權”子目徵稅；對乙方應按“銷售不動產”稅目徵稅。由於雙方沒有進行貨幣結算，因此應當按照《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十五條的規定分別核定雙方各自的營業額。如果合作建房的雙方（或任何一方）將分得的房屋銷售出去，則又發生了銷售不動產行為，應對其銷售收入再按“銷售不動產”稅目徵收營業稅。
2．以出租土地使用權為代價換取房屋所有權。例如，甲方將土地使用權出租給乙方若干年，乙方投資在該土地上建造建築物並使用，租賃期滿後，乙方將土地使用權連同所建的建築物歸還甲方。在這一經營過程中，乙方是以建築物為代價換得若干年的土地使用權，甲方是以出租土地使用權為代價換取建築物。乙方發生了出租土地使用權的行為，對其按“服務業－租賃業”征營業稅；乙方發生了銷售不動產的行為，對其按“銷售不動產”稅目征營業稅。對雙方分別徵稅時，其營業額也按《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十五條的規定核定。
第二種方式是甲方以土地使用權、乙方以貨幣資金合股，成立合營企業，合作建房。對此種形式的合作建房，則要視具體情況確定如何徵稅：
1．房屋建成後，如果雙方採取風險共擔、利潤共享的分配方式，按照營業稅“以無形資產投資入股，參與接受投資方的利潤分配、共同承擔投資風險的行為，不征營業稅”的規定，對甲方向合營企業提供的土地使用權，視為投資入股，對其不征營業稅；只對合營企業銷售房屋取得的收入按銷售不動產徵稅；對雙方分得的利潤不征營業稅。
2．房屋建成後，甲方如果採取按銷售收入的一定比例提成的方式參與分配，或提取固定利潤，則不屬營業稅所稱的投資入股不征營業稅的行為，而屬於甲方將土地使用權轉讓給合營企業的行為，那么，對甲方取得的固定利潤或從銷售收入按比例提取的收入按“轉讓無形資產”徵稅；對合營企業則按全部房屋的銷售收入依“銷售不動產”稅目徵收營業稅。
3．如果房屋建成後雙方按一定比例分配房屋，則此種經營行為，也未構成營業稅所稱的以無形資產投資入股，共同承擔風險的不征營業稅的行為。因此，首先對甲方向合營企業轉讓的土地，按“轉讓無形資產”徵稅，其營業額按實施細則第十五條的規定核定。其次，對合營企業的房屋，在分配給甲、乙方後，如果各自銷售，則再按“銷售不動產”徵稅。