我國商品流通企業數量多，經營範圍廣，覆蓋面大，是現行各主要稅種的納稅人，其在生產經營活動中會涉及以下稅種。
一、增值稅
《中華人民共和國增值稅暫行條例》規定，在中華人民共和國境內銷售貨物或提供加工、修理修配勞務，以及進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅人。因此，商品流通企業是現行增值稅的主要納稅人。
商品流通企業繳納增值稅主要有以下幾種情況：
（1）批發或零售商品、貨物。
（2）發生視同銷售行為。
（3）進口貨物。
（4）兼營加工、修理修配勞務。
現行增值稅制度將商品流通企業納稅人劃分為一般納稅人和小規模納稅人。商品流通企業的一般納稅人銷售貨物，發生視同銷售貨物行為，以及提供應稅勞務，按“扣稅法”計算應納增值稅額，即用當期銷項稅額抵扣當期進項稅額後的餘額作為當期應納稅額。對於年銷售額不足180萬元的，以及會計核算不夠健全的商品流通企業，經主管稅務機關認定為小規模納稅人的，實行簡易辦法計算應納稅額，即按銷售額和4%的徵收率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。
商品流通企業進口貨物，應在進口環節按照組成計稅價格和規定的稅率，計算繳納增值稅，不得抵扣進項稅額。進口貨物應納增值稅在進口貨物報關時向海關繳納。商品流通企業的一般納稅人若將進口貨物在國內銷售，其在進口環節繳納的增值稅可以作為進項稅額進行抵扣。
二、消費稅
消費稅徵稅範圍為在中華人民共和國境內生產、委託加工和進口《消費稅暫行條例》規定的消費品。商品流通企業應納消費稅的業務主要有委託其他企業加工應稅消費品業務，進口應稅消費品業務和零售金銀首飾業務。
委託其他企業加工應稅消費品是指商品流通企業提供原料和主要材料、物資委託其他企業加工比擬感收回應稅消費品。商品流通企業作為委託方是消費稅納稅人，但稅款由受託方在向商品流通企業交貨時代扣代繳。商品流通企業委託其他企業加工收回的已繳消費稅的商品，在以後經營、銷售時不再繳納消費稅。委託加工的應稅消費品，按照受託方的同類消費品的銷售價格計算納稅。沒有同類消費品銷售價格的，按照組成計稅價格計算納稅。組成計稅價格的計算公式為：
組成計稅價格=（材料成本+加工費）÷（1－消費稅稅率）
商品流通企業是我國商品進出口的主要組織者，如果進口商品屬於消費稅的應稅消費品，在進口環節除繳納關稅、增值稅外，還應繳納消費稅。同增值稅一樣，消費稅也是在進口商品報關時向海關繳納，而且進口應稅消費品應納消費稅，也按照組成計稅價格計算納稅，也就是說，進口貨物消費稅計稅依據與增值稅計稅依據是一樣的。組成計稅價格的計算公式為：
組成計稅價格=（關稅完稅價格+關稅）÷（1－消費稅稅率）
商品流通企業除了以上應繳納消費稅的經營範圍外，對於經營金銀首飾的零售業務也應繳納消費稅。按照現行消費稅條例和實施細則規定，應稅消費品的納稅環節主要為生產加工環節和進口環節。但為了適應貴重首飾的經營特點，貫穿合理負擔的稅收政策，經國務院批准，將貴重首飾分為金銀首飾和非金銀首飾，其中金銀首飾（包括金、銀和金基、銀基合金首飾，以及金銀和金基、銀基合金的鑲嵌首飾），由生產委託加工環節或進口環節改為零售環節徵收消費稅；非金銀首飾仍為生產、委託加工或進口環節徵稅。因此，商品流通企業如發生上述金銀首飾的零售行為，應按照實際實現的不含增值稅的銷售額和5%的消費稅稅率計算繳納消費稅。