（一）營業稅：科研機構、高等學校從事技術轉讓、技術開發業務和與之相關的技術諮詢、技術服務業務取得的收入，免徵營業稅。
（二）企業所得稅：科研機構、高等學校服務於各業的技術成果轉讓、技術培訓、技術諮詢、技術服務、技術承包所取得的技術性收入，暫免徵收企業所得稅。
（三）個人所得稅：自1999年7月1日起，科研機構、高等學校轉化職務科技成果以股份或出資比例等股權形式給予個人獎勵，獲獎人在取得股份、出資比例時，暫不交納個人所得稅。
（四）科研機構轉制後能享受到的稅收優惠：
中央直屬科研機構以及省、地（市）所屬的科研機構轉制後，自1999年起至2003年底5年內，免徵企業所得稅和科研開發自用土地的城鎮土地使用稅。（本條所指科研機構不包括：已經轉制和已併入企業的科研機構，以及所有從事社會科學研究的科研機構。）
科研機構進入企業仍然從事科技開發並實行獨立經濟核算的，享受上述同等免稅優惠。
享受上述稅收優惠政策的科研機構，需持轉制變更後的企業工商登記材料報當地主管稅務機關，並按規定辦理有關減免稅手續。