2001年7月20日，財政部、國家稅務總局下發了《關於醫療機構有關稅收政策的通知》，對醫療衛生機構有關稅收政策作了進一步的明確規定。但是，由於相關政策不夠完善，在實際工作中稅收政策執行不夠統一，加之稅法宣傳力度不大，使納稅人常常產生誤解。醫療行業，應如何納稅？
一、分類不同，享受的政策不同
按照我國城鎮醫療衛生體制改革的總體部署，所有醫療機構將按照其性質、功能和承擔的任務不同，分為非營利性醫療機構和營利性醫療機構兩大類。
所謂非營利性醫療機構，是指政府興辦的承擔基本醫療服務並代表地方或者國家水平的醫療機構。以享受政府財政定向補貼為主，不以營利為目的，收入用於醫療服務成本，其實際營運中的節餘只能用在自身的發展上。
所謂營利性醫療機構，是指那些醫療服務所得收益可以作為投資者經濟回報的醫療機構。其服務項目可以根據市場需求自定，並報經衛生行政部門核准；醫療服務價格實行市場調節，自主定價。個體、私營、股份制、股份合作制和中外合資合作的醫療機構一律為營利性醫療機構。
上述非營利性醫療機構和營利性醫療機構均須由衛生行政部門核定，並在執業登記中注有“非營利性醫療機構”或“營利性醫療機構”，執照方為有效。
（一）關於非營利性醫療機構的稅收政策
非營利性醫療機構按照國家規定價格取得的醫療服務收入，兔征各項稅收；不按照國家規定價格取得的醫療服務收入，不得享受此項稅收優惠政策。優惠政策免徵的稅收包括：營業稅、增值稅、企業所得稅、房產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅等。
但是，非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定徵收各項稅收；非營利性醫療機構取得的非醫療服務收入，直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批准可抵扣應納稅所得額，就餘額徵收企業所得稅；非營利性醫療機構的藥房為獨立的藥品零售企業，應按國家規定徵收各項稅收。
（二）關於營利性醫療機構的稅收政策
營利性醫療機構取得的收入，直接用於改善衛生醫療條件的，自取得執業登記之日起，三年內給予下列優惠：對取得的醫療服務收入免徵營業稅；對其自產自用的製劑免徵增值稅；對其機構自用的房產、土地、車船免徵房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。但是，對營利性醫療機構的藥房為獨立的藥品零售企業，應按規定徵收各項稅收。
二、註冊類型、經營地點不同，繳納的稅種不同
醫療機構的登記註冊類型，將按國家行政管理部門規定劃分為三類：第一類為內資醫療機構；第二類港、澳、台商投資醫療機構；三類外商投資醫療機構。目前，我國有關稅收政策規定，對註冊類型或經營地點不同的醫療機構經營應稅醫療服務項目，繳納的稅種各有不同。
三、稅種不同，計算的方法不同
不同的稅種，由於計稅依據、稅率不同，所以具體的計算方法也不同。
（一）營業稅。計稅依據為醫療機構取得的醫療服務收入，稅率5％，應納營業稅額＝醫療服務收入×5％。納稅期限分別為5日、10日、15日或一個月；具體期限由主管稅務機關根據應納稅額的大小核定；不能按照固定期限納稅的，可以按次納稅。
（二）增值稅。計稅依據為自產自用製劑的銷售收入。醫療機構屬於不經常發生應徵增值稅行為的單位，不論其經營規模大小或財務核算是否健全，均應視同小規模納稅人納稅。適用徵收率為6％，應納稅額＝自產自用製劑的銷售收入×6％。納稅期限分別為1日、3日、5日、10日、15日或1個月，具體期限由主管稅務機關根據應納稅額的大小核定；不能按照固定期限納稅的，可以按次納稅。