某市城市規劃區的東南部，按照批准的總體規劃方案，有一個約60公頃的城市規劃綠地。
某科研單位與當地村委會簽訂協定，在規劃綠地內（現在為耕地）占用3公頃土地建設住宅，補償費用1000萬元。一年後建成多層住宅五棟，建築面積25000平方米，該科研單位在分房的過程中有職工向城市規划行政主管部門舉報該單位領導搞違法建設，要求查處。經查後，城市規劃執法人員認為，改科研單位和村委會對農村集體土地進行變相買賣違法侵占耕地，同時也未報城市規划行政主管部門審批，沒有辦理建設用地規劃許可證和建設工程規劃許可證。即行占地建設屬於違法建設，且侵占規劃綠地，嚴重影響城市規劃，違法事實清楚，不用再找當事人調查，於是根據城市規劃法第四十條規定對違法建設作出予以沒收的行政處罰決定，並經部門領導批准發出了行政處罰決定書。送達後，科研單位不服該行政處罰，向人民法院提起訴訟，經法院審理，判城市規划行政主管部門敗訴。
試分析：敗訴的原因是什麼？城市規劃主管部門應該如何正確處理此案？
總計15分6個得分點
1、沒有嚴格按照《行政處罰法》規定的程式作出處罰決定，屬於程式敗訴。（5）
依照《行政處罰法》的有關規定，正確的行政處罰決定的程式主要是：
2、立案。（2）
3、調查取證。除了由當事人調查違法事實外，還應製作筆錄，告知當事人有陳述權，申辯權的要求聽證權。（2）
4、審理違法事實作出行政處罰決定，並告之當事人有複議訴訟權（2）
5、送達行政處罰決定書。（2）
6、當事人執行：如當事人不履行行政處罰決定，則由城市規划行政主管部門申請人民法院強制執行。（2）