確定細胞壁及細胞內含物的性質或某些品種有效成分在組織中的分布等，用以鑑別藥材的真偽與純度甚至品質。
1.顯微化學鑑定法
（1）細胞壁性質的鑑別：
①木質化細胞壁加間苯三酚試液顯紅色或紫紅色。
②木栓化或角質化細胞壁加蘇丹ш顯橘紅色至紅色。
③纖堆素細胞壁加氯化鋅碘試液顯藍色或紫色。
④矽質化細胞壁加硫酸無變化。
（2）細胞內含物性質的鑑別：
①澱粉拉加碘試液顯藍色或紫色。
②糊粉粒加碘試液顯棕色或黃棕色。加硝酸汞試液顯磚紅色。
③脂肪油、揮髮油或樹脂加蘇丹ш試液顯橘紅色、紅色或紫紅色。
④菊糖加10%α-萘酚乙醇溶液，再加硫酸顯紫紅色並很快溶解。
⑤黏液加釕紅試液顯紅色。
⑥草酸鈣結晶加稀醋酸不溶解，加稀鹽酸溶解而無氣泡發生。加硫酸逐漸溶解，析出結晶。
⑦碳酸鈣結晶（鍾乳體）加稀鹽酸溶解，同時有氣泡發生醫學教育 網原創
⑧矽質加硫酸不溶解。
2.顯微常數測定：常見的顯微常數主要有用於葉類鑑別的氣孔數、氣孔指數、柵表比、脈島數和脈端數等。
3.顯微鑑定常用試液：顯微鑑定所用試劑包括水、稀甘油、甘油醋酸試液及水合氯醛試液。