破產清算會計核算的一般程式是：
１.設定會計科目，建立新的帳戶體系；2.結轉各破產清算帳戶的期初餘額；
3.在財產清查的基礎上，編制清查後的財產盤點表和資產負債表；
4.核算和監督破產企業財產的處置；5.核算和監督清算費用的支付；
6.核算和監督破產企業財產的分配，結平各帳戶；
7.編制清算會計報表，辦理企業註銷登記。
三、破產清算的會計核算
(一) 設定破產清算會計科目並建立新的帳戶體系
１.資產類會計科目——
(１)核算內容與原企業相應科目的核算內容一致的資產類科目。如“現金”、“應收票據”、“在建工程”、“無形資產”等科目。
(3) 對原企業核算內容相近科目進行合併而設定的資產類科目。如：
a、 “投資“科目是原“長期投資”科目和“短期投資”科目的合併；
b、 “銀行存款”包括各種存款與匯票、本票存款等；
c、 “應收款”核算清算企業除應收票據之外的各種應收款項。
(4) 將原科目與其備抵科目合併後設立的資產類科目，如：“固定資產”科目是原“固定資產”科目和“累計折舊”科目的合併（即淨額）;
2.負債類會計科目——
(１)與原企業相應科目的核算內容一致的負債類科目。如“應付票據”、“應付工資”、“應付福利費”、“應交稅金”、“應付利潤”、“其他應交款（應交的教育費附加）”、“應付債券”等科目。
(2)對原企業有關科目的合併而設立的負債類科目。如“借款”科目核算被清算企業需要償還的各種借款，包括長期借款和短期借款；“其他應付款”科目核算被清算企業需要償付的除應付票據之外的各種款項。
3.損益類會計科目
(１)破產企業原來的各損益類科目和“本年利潤”科目不再設定。
(2)增設“清算費用”科目，核算被清算企業在清算期間發生的各項費用。支付各項清算費用時，記入該帳戶的借方；清算結束時，應將該帳戶餘額從貸方轉入“清算損益”帳戶。
(3)增設“土地轉讓收益”科目，核算被清算企業轉讓土地使用權取得的收入和發生的有關成本、稅費等。取得土地使用權轉讓收入時，記入該帳戶的貸方；結轉轉讓成本、用土地使用權所得支付職工安置費以及支付轉讓的有關稅費時，記入該帳戶的借方；清算終結時，應將本帳戶的餘額轉入“清算損益”帳戶。
(4)增設“清算損益”科目，核算被清算企業在破產清算期間處置資產、確認債務等發生的損益和被清算企業的所有者權益。其核算內容包括：
① 被清算企業在清算期間處置資產發生的損益。發生的收益記入該帳戶的貸方，發生的損失記入該帳戶的借方；
② 被清算企業在清算期間確認債務發生的損益。確認債務的減少數額，記入該帳戶的貸方；
③ 結轉的被清算企業的所有者權益,包括實收資本、資本公積、盈餘公積,利潤分配等。結轉各項所有者權益帳戶時，如為貸方餘額，記入該帳戶的貸方；如為借方餘額，記入該帳戶的借方。
④ 結轉的有關帳戶的餘額，包括清算費用、土地轉讓收益和有關資產負債帳戶的餘額。結轉有關帳戶的借方餘額，記入該帳戶的借方；結轉的貸方餘額，轉入該帳戶的貸方。
(二)結轉各破產清算帳戶的期初餘額
開設新賬後，清算組應按照破產企業移交的、截止至清算開始日的賬戶餘額表中各賬戶的餘額，根據各賬戶的相互對應關係，逐一轉入新設的相應賬戶中,並編制新的科目餘額表。結轉時，均要編制結轉分錄，據以登錄新帳戶的期初餘額，註銷舊賬。如
1） 結轉“投資”賬戶餘額—— 2）結轉“應收款”賬戶餘額——
借：投資 (新帳戶) 借：應收款 (新帳戶)
貸：短期投資 (舊帳戶) 貸：應收 / 預付 賬款（舊賬戶）
長期投資 (舊帳戶) 其他應收款 （舊賬戶）
3） 結轉“固定資產”賬戶餘額—— 4）結轉“借款”賬戶餘額——
借：固定資產 (新帳戶) 借：短期借款 (舊帳戶)
累計折舊 (舊帳戶) 長期借款 (舊帳戶)
貸：固定資產 (舊帳戶) 貸：借款 (新帳戶)
5） 結轉“其他應付款”賬戶餘額—— 6）結轉“清算損益”賬戶餘額——
借：應付賬款 (新帳戶) 借：清算損益 (新帳戶)
預收賬款 (舊帳戶) 預提費用 (舊帳戶)
其他應付款 (舊帳戶) 實收資本 (舊帳戶)
貸：其他應付款 (舊帳戶) 盈餘公積 (舊帳戶)
利潤分配 (舊帳戶)
貸：待攤費用 (舊帳戶)
待處理財產損溢 (舊帳戶)
遞延資產 (舊帳戶)
(三)在財產清查的基礎上編制清查後的財產盤點表和資產負債表
清算組對於破產企業的財產和債務要進行全面的清查，並根據財產清查的結果進行賬務處理，然後編制清查後的資產負債表。
清查中確認無法收回的應收款項，以及發現的財產短缺，作會計分錄：
借：清算損益
貸：應收票據 或 應收款(按新賬戶來進行)
產成品、材料、無形資產等帳戶
清查中確認無法歸還的應付款項，以及發現的財產溢余，作會計分錄：
借：應收票據或應收款
產成品、材料等帳戶
貸：清算損益
(四)核算和監督破產企業財產的處置
１.收回應收款、應收票據等債權的核算
借：銀行存款 / 現金
貸：應收款、應收票據等帳戶
對於不能收回的應收款項，按核銷的金額，做相反分錄。
如果破產企業的原債務人以原材料、產成品等實物資產抵頂其債務，則清算組在收到抵頂有關債權的實物時，應將實物資產預計可變現金額與應收金額之間的差額借記或貸記“清算損益“帳戶，即
借：材料、產成品等帳戶(按可變現價值入帳)
清算損益(清算損失)
貸：應收款、應收票據等帳戶 + 清算損益（清算收益）