紅黴素在臨床上套用十分廣泛，且價格便宜，頗受醫生和患者的青睞，但應注意紅黴素不宜與下列藥物同時套用。
青黴素 因紅黴素能快速抑制菌體蛋白的合成，促使細菌處於靜止狀態，而青黴素類屬於繁殖期殺菌劑，故上述兩種藥物伍用會產生拮抗作用。
白黴素 因為兩者同屬大環內酯類抗生素，作用的部位相同，共用並無增加藥效的作用，反而會使細菌產生耐藥性。
氯黴素、林可黴素、四環素 伍用時，由於紅黴素會干擾和破壞其他藥物的作用而產生拮抗。
阿司匹林、維生素c 紅黴素與這二藥合用易受破壞，使其作用顯著降低。
氨茶鹼 紅黴素與氨茶鹼伍用時，氨茶鹼的代謝受到抑制，半衰期延長，血液濃度升高，毒性增強。
氯丙嗪、苯巴比妥、保泰松 這是因為三藥對肝臟都有毒性作用，若與紅黴素並用，等於雪上加霜，會加重對肝臟的毒害。
普魯本辛 二藥合用，可使紅黴素抗菌療效顯著降低。
乳酶生 由於紅黴素能抑制乳酸桿菌的活性，使乳酶生藥效降低，也同時隆低了紅黴素的有效濃度和活性。
含鞣質的中成藥物 含鞣質的中成藥有虎杖浸膏片、四季青片、複方千日紅片、腸連片、舒痔丸、感冒寧等。紅黴素若與藥伍用，可使紅黴素失去活性。