在不同國家及不同地區的採收時間都不相同。採收過程需要大量的人力，特別是高質量特選的咖啡，只能採摘完全成熟的紅色咖啡櫻桃。因為所有的咖啡櫻桃不是在同一時間成熟，所以需要多次回到同一棵樹去採摘。 咖啡豆來自一種成熟的種子叫做咖啡櫻桃 （ cherries），名字的由來是因為它鮮紅的顏色。 一般而言，咖啡豆加工可分兩種方式：水洗式（wet method），乾燥式 （dry or unwashed method）
■水洗式（wet method）
先將咖啡櫻桃外層的果肉除去，然後浸泡在一個很大的盛滿水的水泥槽內。經過發酵處理之後，水洗式咖啡會有一種特有的鮮明清澈的風味。發酵過後的咖啡豆再以清水洗過，然後排除水份再放在陽光下曬乾或是用機器乾燥之。最後用脫殼機將肉果皮和銀皮除去，即可進行篩選並分成不同等級的生咖啡豆。
■乾燥式（dry method）
處理方法是將咖啡櫻桃廣布在曝曬場上兩個星期，每天用耙掃過幾次，使咖啡豆可以乾的比較均勻。當曬乾之後，咖啡豆會與外皮分開，以脫殼機將幹掉了的果肉，肉果皮去除，然後經過篩選並分成不同的等級。
水洗式或乾燥式都能生產出最優質的咖啡。水洗式咖啡一般來講會有比較鮮明的酸度和一致的風味；乾燥式咖啡的酸度則比較低，風味也比較多變化。哥倫比亞，肯亞，哥斯大黎加，瓜地馬拉，墨西哥，和夏威夷等地都用水洗式的方法。國家包括巴西、衣索比亞和印度尼西亞生產的咖啡大部分都是用乾燥式處理法，但是也有生產一些水洗式的咖啡。
咖啡的篩選和等級是根據豆的顆粒大小和濃度來決定的，另外也取決於一磅豆內有多少的缺點豆（成熟豆下面碎掉的豆，等等）。就像是最好的葡萄酒，專業咖啡在生產過程中謹慎甚細心處理和選擇可以從豆的品質上看得出來，因為產品上會有獨特的表征，它代表著產地，氣候和種植者。
咖啡豆研磨前，加工大致分作以下步驟：
第一，去皮：利用機械方式將果皮與大多數的果肉去除。
第二，發酵
第三，乾燥
第四，烘焙：咖啡生豆透過烘焙，可以釋放出咖啡特殊的香味，每一顆咖啡豆蘊藏其香味、酸味、甘甜、苦味，如何淋漓盡致的釋放出來則觀其烘焙的火候，從淡而無味的生豆，到杯中餘味無窮的香醇，烘焙是每一顆咖啡豆漫長的旅行中，勾畫性格、孕育香味極重要的一個步驟。咖啡豆在這場長約一二十分鐘（與溫度成反比）、溫度高達攝氏兩百多度，在與火熱切對話的過程中，歷經多次化學變化，發出一次爆、二次爆，如爆米花似的響聲，並喪失水分。從生豆、淺、中焙到深焙，水分一次次釋放，重量減輕，體積卻漫漫膨脹鼓起，咖啡豆的顏色加深，芬芳的油質逐漸釋放出來，質地也變得爽脆。在生豆中，蘊涵大量的氯酸，隨著烘焙的過程，氯酸會逐漸消失，釋放出令人熟悉而愉悅的水果酸--如醋酸、檸檬酸和葡萄酒中所含的蘋果酸，烘焙恰倒好處的將這些美好的酸味適度的呈現出來。[]
淺焙--當豆子迸發出第一聲輕響，體積同時膨脹，顏色轉變為可口的肉桂色。酸性主導了淺焙豆子的風味，質感和口感都尚未充分發揮，一般做為罐裝咖啡使用。
中焙--咖啡豆呈現出幽雅的褐色。這種烘焙的方法又叫city roast。中焙能保存咖啡豆的原味，又可適度釋放芳香，因此牙買加的藍山、哥倫比亞、巴西等單品咖啡，多選擇這種烘焙方法。在20分鐘時，油脂開始浮出表面，豆子被烈火燙燒出油亮的深褐色，稱為full-city roast,這時咖啡的酸、甜、苦味達到最完美的平衡點，咖啡豆的性格也被線條分明的刻畫出來。
深焙--咖啡豆的顏色越深，風味也更甘甜香醇，這時油脂已化為焦糖，苦盡回甘，餘味無窮，最適合醞釀強勁的義大利Espresso，所以又稱為意式烘焙法。適度的烘焙賦予咖啡豆生命，化為入口時耐人尋味的酸甜苦澀。對咖啡因敏感的人，不妨選用深焙的豆子，因為在深焙的過程中，咖啡因會慢慢的逸失，所以越深焙的豆子，其咖啡因的含量越是低，一杯Espresso中的咖啡因含量，只有其他中焙咖啡的一半，一般Espresso咖啡容量少，若等同一般咖啡的容量時咖啡因含又高了很多。
需要說明的是，咖啡豆的烘焙分為一次烘焙和二次烘焙。其區別取決於咖啡店的規模大小。規模小的咖啡店因資源限制只有一台機器，要求全部烘焙過程一次完成； 而對於規模比較大的咖啡店來說，至少會有兩台機器，可以分工協作，分兩次完成烘焙過程。經過了二次烘焙的咖啡豆酸性大減，香味清悠，甘甜爽口。