洋蔥是比較耐貯的蔬菜，但如果貯藏方法不當，也會造成爛耗、乾縮現象。準備貯藏的洋蔥，收穫前10天停止澆水，植株莖葉開始倒伏後，選擇晴天連根拔起，擺放在場上晾曬2～3天，再翻曬2～3天。要防止雨淋，葉子曬到發軟變黃時編辮，一般40～50頭為一辮，繼續晾曬辮子，乾後準備貯藏。有的不編辮，把6～7個蔥頭捆成一把。還有的剪去葉子，蔥頭晾乾後裝筐存放。貯藏方法主要有：
1、垛藏。
選擇乾燥通風的地方，用圓木或石塊墊起高30厘米左右、寬1.6米左右的垛底，把充分曬乾的洋蔥辮或把，堆成1～1.6米高的垛，上蓋3～4層蓆子，四周圍2層蓆子，用繩子橫豎綁緊，防止日曬雨淋，保持乾燥，垛後封席初期，倒1～2次，每次下雨後都要檢查一下，如有漏水曬乾後再蓋好蓆子。天冷時加蓋草簾保溫。寒冷地區，當氣溫降到零度以下時，拆垛搬到空屋或倉庫里繼續貯藏，溫度保持在-2～3℃。上市前放在0～2℃溫度下解凍。
2、掛藏。
小量貯藏時，可將充分晾曬好的洋蔥辮，掛在屋檐或溫室後坡下，只要通風、乾燥、雨淋不著就可以。大量貯藏時，可搭掛在空屋裡或在乾燥處搭棚，設木架掛洋蔥辮。
3、坯藏。
這種方法只限於少量貯藏，把充分曬乾的好洋蔥頭混入細沙土和成泥，製成2.5～5公斤重的土坯，曬乾後堆在通風乾燥的地方，注意防雨防潮。天冷時防凍，發現土坯乾裂時，及時用潮土填補裂縫。