在古人的意識看來，端午節是一個百毒的日子，這種思想在民間流傳比較廣泛。其實這些都與夏天的悶熱天氣有關，細菌易滋生，瘟疫也容易流行。諸如蚊蟲叮咬較多，所以人們都十分小心。看似迷信的行為例如用雄黃酒灑牆壁門窗，卻是對健康有利的。其實這些迷信行為，民眾求的只是一種安心。同時也可以算是傳承醫藥衛生的一個好節日。
今天這些衛生習俗仍然是應發展，並應弘揚傳承的。端午的衛生習俗①採藥。這是最古老的端午節俗之一。《夏小正》載：“此日蓄藥，以蠲除毒氣。”《歲時廣記》卷二十二“采雜藥”引《荊楚歲時記》佚文：“五月五日，競采雜藥，可治百病。”後魏《齊民要術·雜記》中，有五月捉蛤蟆的記載，亦是製藥用。後來有不少地區均有端午捉蛤蟆之俗，如江蘇於端午日收蛤蟆，刺取其沫，製作中藥蟾酥;杭州人還給小孩子吃蛤蟆，說是可以消火清涼、夏無瘡癤。還有在五日於蛤蟆口中塞墨錠，懸掛起來晾乾，即成蛤蟆錠，塗於膿瘡上可使消散。
這種捉蛤蟆製藥之俗，源於漢代“蟾蜍辟兵”之傳說。又如湖北監利於端午“采百草”，亦採藥草之俗。採藥是因端午前後草藥莖葉成熟，藥性好，才於此日形成此俗。②沐蘭湯，端午日洗浴蘭湯是《大戴禮》記載的古俗。當時的蘭不是現在的蘭花，而是菊科的佩蘭，有香氣，可煎水沐浴。《九歌·雲中君》亦有“浴蘭湯會沭芳”之句。《荊楚歲時記》：“五月五日，謂之浴蘭節。”《五雜俎》記明代人因為“蘭湯不可得，則以午時取五色草拂而浴之”。後來一般是煎蒲、艾等香草洗澡。
在廣東，則用艾、蒲、鳳仙、白玉蘭等花草;在湖南、廣西等地，則用柏葉、大風根、艾、蒲、桃葉等煮成藥水洗浴。不論男女老幼，全家都洗，此俗至今尚存，據說可治皮膚病、去邪氣。③飲蒲酒、雄黃、硃砂酒，以酒灑噴。《荊楚歲時記》：“以菖蒲(多年生草本植物，生在水邊，地下有淡紅色根莖，葉子形狀像劍，肉穗花序。根莖可做香料，也可入藥)或鏤或屑，以冷酒。”蒲酒味芳香，有爽口之感，後來又在酒中加入雄黃、硃砂等。明謝肇淛《五雜咀》：“飲菖蒲酒也……而又以雄黃入酒飲之。”明馮應京《月令廣義》：“五日用硃砂酒，辟邪解毒，用酒染額胸手足心，無會虺(古書上說的一種毒蛇)蛇之患。又以灑牆壁門窗，以避毒蟲。”此俗流傳較廣。
至今，如廣西賓陽，逢端午時便有一包包的藥料出售，包括雄黃、朱耒、柏子，桃仁、蒲片、艾葉等，人們浸入酒後再用菖蒲艾蓬蘸灑牆壁角落、門窗、床下等，再用酒塗小兒耳鼻、肚臍，以驅毒蟲，求小兒平安。另外有的地區還用雄黃酒末在小孩額上畫“王”字，使小孩帶有虎的印記，以用虎辟邪。這些活動，從衛生角度來看，還是有科學道理的。雄黃加水和酒灑於室內可消毒殺菌，飲蒲灑也頗有益。④採茶、制涼茶。北方一些地區，喜於端午采嫩樹葉、野菜葉蒸晾，製成茶葉。廣東潮州一帶，人們去郊外山野采草藥，熬涼茶喝。這對健康也有好處。
以金縷延壽帶、彩絲續命縷分賜百官。節日戴以入。”