科技論文提綱確定了，就要撰寫初稿。原則上要簡明扼要，指出問題，說明問題，分析問題。提綱只是預擬一個輪廓，不可能對每一細部都考慮周密完善。在寫作時，順著寫作思路而作，對於論點、例證和論證步驟等等細部，很可能發現原來提綱中某些構想計畫是不恰當的，就應該加以修改和調整;臨時發現某些論點、例證和論證理由不確切，還應該重新查書、思考、斟酌和推敲，給予增補，使之完善。當然，文氣的通暢，文字的華美，還是必要的。該用排比、重複強調等修辭手法，以突出重點、傾注感情的地方，需要妙筆生花、使讀者產生特殊感應的地方，還是不能吝惜筆墨。總之，該長則長，該短則短，量體裁衣，從內容出發，為內容服務，句無虛發，字無浪費，這是基本原則。
初稿寫成以後，應再三修改，審查是否符合要求。事實上，人的認識不是一次完成的，很難一次就達到完善恰當的程度。仔細檢查，反覆修改，總會發現還有不恰當、不完善之處，大至問題是否提得鮮明中肯，論點和事例有無說服力，結構層次是否嚴謹，小至文字的修飾加工，有無廢話，語言是否準確、鮮明、生動，等等，總會發現尚需修改之處，發現很多在提綱中看不出的毛病，原先估計不到的問題。寫成初稿後反覆審查和修改，是十分必要的。
“持之有故，言之成理”是科技論文的起碼要求。持之有故即事實的根據;言之成理是條理清楚，觀點明確。真理的標準在於實踐，僅僅“持之有故，言之成理”還不一定正確，必須能夠經受實踐的檢驗，即付諸實踐，取得預期的效果，簡略地說，可以說是“行之有成”，即成功的實踐效果。
一篇好的科技論文不光主題突出，論點鮮明，還應結構嚴謹，層次分明。要安排好結構，一般應遵循以下5個原則:
一是圍繞主題，選擇有代表性的典型材料，根據需要，加以適當安排，使主題思想得到鮮明突出的表現。
二是疏通思路，正確反映客觀事物的規律，就是說，必須反映客觀事物的實際情況，內部聯繫，符合人們的認識規律。
三是結構要完整而統一，符合客觀事物的實際情況;客觀事物的發展必然經過開始、中間、結尾3個階段，同樣每篇文章也必然經過3個階段。
四是要層次分明，有條不紊。文章結構中最重要的是層次。層次就是文章中材料的次序。寫文章時把所選材料分成若干部分，按照主題思想的需要，適當安排，分出輕重緩急，依次表達，前後連貫，充分而鮮明地把主題思想表達出來。
五是要適合文章體裁。體裁不同，結構也不會完全相同。各種文體都有自己的結構特點。一般說來論說文是以事物的內部邏輯關係來安排結構層次，因此論說文以說理論證為主，同記敘文以“事”為主不同。