第一次思想交鋒緣於上世紀80年代中期。一次，全國政協原副秘書長、時任中宣部理論局長盧之超來杭州，見到雷雲時，談及理論局正與教育部主編一本高校教材《中國社會主義建設》一事。聽說此書剛出版就有人“拍磚”，進行攻擊和否定。雷雲敏銳地感覺到，加強高校“兩課”建設，編出把馬克思主義和中國社會主義建設實際相結合的新教材，很有必要，此書出得及時，有什麼不同意見可以商榷，但不能全盤否定。他表示，要寫文章支持，通過學術上的思想交鋒，把事實講清、把道理辯透，捍衛你們這種做法。盧之超回北京後果然在《光明日報》看到雷雲寫的一篇文章，旗幟鮮明地對否定研究社會主義建設理論的錯誤觀點進行駁斥。20多年後，盧之超對記者說：“從這件事看，雷雲是一個非常好的同志，對馬克思主義理論非常忠誠，對黨的事業非常認真、敬業。”
1989年5月，雷雲擔任省委宣傳部副部長。隨著身份的改變，角色的轉換，他對理論事業的追求有了一個思想飛躍，認為寫論文搞思想交鋒，不單是個人和學術上的事，作為一名領導幹部，準確研究、宣傳黨的理論路線方針政策，對幹部、黨員進行正確引導，乃是職責所在。
第二次思想交鋒是蘇東劇變之際。有人對民主社會主義很感興趣，竭力宣揚。雷雲見勢頭不對，覺得作為一名黨的理論工作者應旗幟鮮明地站出來，表明立場和觀點，便奮筆疾書，前後發表3篇文章，展開激烈的思想交鋒。雷雲的文章以馬克思主義為指導，從民主社會主義的形成發展講起，再剖析它的本質，講得十分透徹。還特別提醒，要警惕民主社會主義思潮對中國的影響。
20年過去，現在再來看雷雲第二次思想交鋒時所闡述的觀點和結論，依然是正確的。這種提醒非常重要，並且越來越重要。
如果說，上述兩次思想交鋒反映出雷雲捍衛中國特色社會主義理論的浩然正氣，那么，xx年的第三次思想交鋒，則讓理論界看到雷雲深厚的馬克思主義理論功底和一絲不苟的學者風範。
雷雲常給《求是》雜誌寫稿，還擔任《求是》雜誌的浙江聯絡員，後來又擔任第一讀者，每月要寫評刊意見。xx年該雜誌發表的一篇文章引起他的注意，作為特聘的“第一讀者”，他覺得該文某些觀點不準確，不實事求是，因此寫了評刊意見寄出。據《求是》雜誌原編委李明三回憶，該文發表前，值班副總編輯對個別觀點也持有不同看法，竟與雷雲後來的評刊意見完全一致。
xx年上半年，雷雲寫文章認為黨的思想路線應包含與時俱進的內容，建議把思想路線表述為解放思想、實事求是、與時俱進。為此，《求是》雜誌內參把雷雲的觀點與另外幾位專家的類似觀點綜合起來，編了一個“專報”，報送中央。黨的xx大報告集中全黨智慧明確提出了“解放思想、實事求是、與時俱進”的思想路線，這其中也凝結著像雷雲同志這樣一批黨的理論工作者的心血。此外，老雷的《實話實說：用徹底的社會主義初級階段論剖解重大理論和現實問題》一文，也受到理論界的廣泛關注。
最近，老雷發表《科學發展也是客觀檢驗標準》一文，提出要進一步深化和運用實踐標準、生產力標準、“三個有利於”標準，以科學發展作為檢驗我們的一切思想觀念、路線方針和實際工作的客觀標準，這一觀點在學界還是首次提出。對此，京城理論界對浙江的雷雲很是敬佩，認為他不僅馬克思主義理論功底紮實深厚，還對黨的理論創新具有高度的敏感性和強烈的責任感。