但是，隨著人口的增長和經濟社會的快速發展，水資源問題，尤其是水資源短缺與經濟社會發展的矛盾已經充分暴露出來。全國平均每年因旱受災的面積約4億畝。正常年份全國灌區每年缺水300億立方米，城市缺水60億立方米。在缺水的同時，還存在著嚴重的用水浪費，全國農業灌溉用水利用係數大多只有0.4，而很多國家已達到0.7~0.8;我國工業萬元產值用水量為103立方米，是已開發國家的10~20倍，水的重複利用率我國為50%左右，而已開發國家為85%以上。水污染嚴重，全國年排放污水總量近600億噸，其中大部分未經處理直接排入水域。在全國調查評價的700多條重要河流中，有近50%的河段、90%以上的城市沿河水域遭到污染。水污染不僅破壞了生態環境，而且使水資源短缺問題更為嚴重。
有關專家指出，嚴峻的水資源形勢，對我國的可持續發展構成了極大的威脅。從人口增長看，2030年左右，我國人口將達到16億，人均占有水資源量將減少1/5，降至1700立方米左右。從經濟成長看，今後幾十年，我國經濟仍將處於快速增長期，到本世紀中葉，國內生產總值要增長10倍以上，城市和工業用水將有較大幅度增長，廢污水排放量也將相應增加。從城市發展看，21世紀中葉我國城市化率可能達到70%，城市水供求矛盾必將更加尖銳。從糧食生產看，我國北方產糧區水資源條件並不富餘，2050年前國家需要增加1.4億噸糧食的要求，將導致水資源短缺的形勢更加嚴峻。因此，開源節流和保護水資源的任務十分艱巨。
水資源善也是制約西部大開發的主要因素。西部地區，尤其是西北地區地廣水稀，水土流失嚴重，生態環境脆弱。水資源是該地區最具有戰略意義的資源，水資源的合理開發、節約利用、有效保護是實施西部開發的重要內容。
為了緩解水資源短缺的矛盾，遏止水環境惡化的趨勢，有關部門正在加大節約和保護工作的力度。在最近召開的全國水利廳局長會議上，水利部部長汪恕誠提出，要轉變以往比較注重水資源的開發、利用、治理，對水資源的配置、節約、保護重視不夠的局面，要把節約和保護水資源作為一項重大國策，實現由工程水利向資源水利，由傳統水利向現代水利、可持續水利的轉變。
據了解，國家將在統籌規劃、綜合治理的基礎上，採取實際步驟加強水資源節約和保護工作。在計畫上，改變以往單純的工程計畫方式，將節水、水資源最佳化調度、水環境保護等方面的項目擺到重要位置，加快建設和發展。在體制上，切實加強流域管理職能，積極推進城市水務局管理體制的建立，為水資源的科學配置提供體制保障。在管理上，制訂和完善科學的管理制度和措施，充分利用水價、水資源費等經濟槓桿，採用有效的科技和經濟手段實現水資源的最佳化配置，提高水資源的利用率，發揮綜合效益。在法治上，堅決執行《水法》、《防洪法》、《水土保持法》等有關法律法規，做好有關法律法規和規章制度的配套建設，特別是《水法》的修改工作，加大執法力度，堅持依法管理水資源。在科研上，突破以往水利工程科學的科研模式，不僅要加強水利基礎科學，而且要發展綜合學科、交叉學科，不僅要研究水利工程特別是樞組工程問題，而且要緊緊圍繞我國水利面臨的突出矛盾和問題，研究各種治理措施的相互關係，科學配置，促進水資源管理與經濟發展、生態環境緊密結合，促進經濟效益、社會效益與環境效益的協調統一。