第二，要認真制定整改落實方案。制定整改落實方案是第三階段的基礎性環節。要以科學發展觀為指導，以領導班子分析檢查報告為依據，按照“四明確一承諾”的要求，進一步細化需要解決的突出問題和需要完善的體制機制，區分輕重緩急和難易程度，分別提出整改落實的目標、方式、時限要求和責任部門，保證整改落實工作有章可循，民眾滿意度測評有據可依。要認真梳理存在的突出問題，對需要解決的突出問題，要明確哪些是具備條件，在學習實踐活動期間可以解決的；哪些是難度較大，需要較長時間才有可能解決的。對需要完善的制度，要明確哪些是要廢除的，哪些是需要修改完善的，哪些是需要研究制定的。要提出整改落實的具體措施和工作目標，對學習實踐活動期間可以解決的問題，要提出明確的具體步驟；對未來一段時間才能解決的問題，要列出大體的解決問題的時間表；對需要較長時間才能解決的問題，要明確努力方向，理清工作思路。要明確整改落實責任，把整改的各個問題、各項制度分解到分管領導和分管部門，把責任落實到具體人員。對於涉及面較廣的問題和制度，要明確牽頭單位和責任人，同時也要明確相關協助單位和責任人。整改落實方案要採取適當方式向黨員、民眾公布。
第三，要集中解決突出問題。學習實踐活動開展以來，我們堅持邊學邊改，邊整邊改，已經解決了一些問題。但要看到，這些工作還只是初步的，還需要繼續努力。要根據整改落實方案，立足本單位的工作實際，進一步明確工作思路、工作方向、工作方法，集中力量解決一批通過努力能夠解決的突出問題。一方面要積極創造條件，盡力而行；另一方面要立足現實基礎，量力而行。當前要重點圍繞完成“三保”任務抓好整改落實工作，把完成“三保”任務作為學習實踐活動最大的實踐、最重要的實際、最需要取得的實效, 紮實做好“三保”工作。一方面積極尋求克服當前困難的應對之策，另一方面要深入研究危機之後參與新一輪競爭、實現新發展的長遠之計。要把完成“三保”任務與調結構、上水平、促改革緊密結合起來，真正使應對國際金融危機衝擊的過程成為推動科學發展上水平的過程，成為為更長時間又好又快發展打基礎的過程。
第四，要創新體制機制。要堅持把建立科學發展的長效機製作為活動的重要內容，認真總結學習實踐活動積累的好經驗好做法，把具體的經驗系統化、成功的經驗制度化，積極研究建立科學發展的長效機制。要認真清理現有的規章制度，對不適應發展形勢、阻礙科學發展的制度規定要及時廢止，對一些總體較好、局部內容不適應科學發展的制度規定要進行修改完善，對當前迫切需要而且實踐基礎又比較好的制度要組織力量抓緊建立。要認真梳理各方面的意見和建議，運用好領導班子成員調研成果和領導班子分析檢查報告，深化對發展規律的認識，加強對體制機制問題的研究，增強制度建設的科學性、針對性和創造性。要針對在分析檢查報告中查擺出來的在貫徹落實科學發展觀方面存在的突出問題和不足，聯繫實際，著眼實踐，圍繞正在做的主要工作，逐步建立和完善理論學習、作風建設、聯繫基層、服務民眾、機關建設等工作制度，同時，結合業務工作，探索和建立健全本單位、本系統貫徹落實科學發展觀的長效機制。