目前，人們所理解的特許經營就是“經營模式特許經營”，這種經營模式被稱為第二代特許經營模式，是現在特許經營中最普遍、最主要的類型。它不僅要求加盟店、經營總店的產品和服務，而且要求加盟店的質量標準、經營方針等都要按照特許者規定的方式進行。加盟方繳納加盟費和後繼不斷的權利金(特許權使用費)，這些經費使得特許方能夠為加盟方提供培訓、廣告、研究開發和後續支持。那么，作為加盟方，首先要清楚通常有幾種特許經營的費用，以便在投資時量力而行。
加盟費
加盟費是特許方將特許經營權授予加盟方時所收取的一次性費用，它包括加盟方獲使用特許方開發出來的商標、專有技術等所支付的費用，這部分費用不會退還，要區別於抵押金。加盟費體現了加盟方加入特許系統所得到的各種好處的價值，一經繳納意味著被加盟者可以使用特許者的品牌及無形資產。
加盟費在眾多加盟企業中，費用的相差懸殊，從不同的行業，不同的企業規模來看，加盟費從幾千元、幾萬元、十幾萬元到幾百萬元不等，如重慶風光實業有限公司的加盟金在4000元至9800元；普蘭德機器乾洗衣物的洗染店加盟金是2萬元；鹹亨酒店加盟金12萬元；九頭鳥酒店管理有限責任公司加盟金為48萬元；而洋快餐肯德基的加盟金是800萬元。
特許權使用費
特許權使用費是被特許者在使用特許經營權過程中按一定的標準或比例向特許方定期支付的費用。在實際當中，特許權使用費按一定金額標準支付的情況較為多見，因為按比例支付會讓特許方很難掌控。一般情況下，特許權使用費按年支付，這部分費用也是不可忽視的，有時會與加盟費不相上下。
如重慶風光實業有限公司的特許權使用費是2800元，為加盟金的一半左右；普蘭德機器乾洗衣物的洗染店特許權使用費3000元至5000元，是加盟費的1/4；鹹亨酒店特許權使用費是10萬元，接近於加盟費；九頭鳥酒店管理有限責任公司特許權使用費為銷售額的3%；肯德基的特許權使用費為銷售額的6%。
保證金
為確保被特許者履行特許經營契約，特許方可要求加盟方交付一定的保證金，這部分費用到契約期滿後，在加盟方沒有違約行為，沒有不清楚款項的情況時，特許方務必退還給加盟方。但是，保證金不是每個特許者都收取的，也沒有什麼收取的標準。有的特許方收取的加盟費較多，有的是象徵意義上收取一點，有的為了體現對加盟者的信任，乾脆就不收取了。還拿上幾家公司來舉例，重慶風光實業有限公司的保證金是300元至600元；普蘭德機器乾洗衣物的洗染店的保證金是2萬元，而鹹亨酒店、九頭鳥酒店管理有限責任公司就不收取保證金。
其他費用
還有一些特許方根據特許經營契約為加盟方提供相關服務，向加盟方收取的費用。如店鋪設計及施工費、培訓費、廣告宣傳費、設備租賃費、財務業務費、意外保險費等。這些費用對於每個特許企業都是有一定標準的，在談加盟事宜的時候，特許方會向加盟方介紹清楚，或者加盟方主動詢問特許方，避免在合作進程中因臨時出現費用而引起不愉快。
分攤的廣告宣傳和促銷費用
特許總部與加盟者之間是有部分費用是需要雙方共同承擔的，最常見的是廣告宣傳和促銷費用。
廣告宣傳和促銷費用的分攤方式分為三個層次：
全國性(整體性)廣告宣傳和促銷費用。在全國或者某個區域全面發布的廣告宣傳和促銷費用，由總部規劃，整體促銷，產生的費用由各店分攤。如果廣告宣傳促銷針對的是特許方的產品，則加盟方不須分攤費用。
區域性廣告宣傳。如果是區域性的廣告宣傳，在區域內發展特許經營時，可將此部分費用作為約定的內容寫入契約並按時收取，做到區域宣傳費用由所在區域分攤。很多特許總部是給加盟方區域授權的權利的，即加盟方可以在一定區域內發展其他加盟者，而在這個區域內的廣告宣傳和促銷費用，就只是在區域內各加盟者之間分攤。