最後小哀（雪莉）為了救柯南死了，她把她配製的藥丸給了他。柯南（新一）說：“你真傻，解藥可以再配的”小哀對著柯南笑了一下，就死去了。柯南吃了藥丸變回了原來模樣——工藤新一。黑暗組織最終成為泡影，走向失敗。黑暗組織頭領其實就是埋伏在他們身邊的阿笠博士，博士想拿新一做實驗，完成他的帝嬰計畫。後來，所以人都知道新一的身份了。
少年偵探隊和柯南告別，步美說：“再見了，柯南同學，我們會想你的。”毛利小五郎的推理技術也大有進步，新一終於完成了心愿。實現了自己的諾言，和小蘭在一起。他們舉辦婚禮時，突然有個人慌慌張張的跑進來，說：“廣場上死人了！”新一，小蘭立刻跑出去，果然有個人躺在血泊中。這時，園子突然哈哈大笑，原來這是大夥弄得一場鬧劇。從此，新蘭永恆~
初三:王靜