隨著雜交水稻的培育成功和在全國大面積推廣，袁隆平名聲大震。在成績和榮譽面前，袁隆平公開聲稱現階段培育的雜交稻的缺點是“三個有餘、三個不足”，即“前勁有餘、後勁不足；分櫱有餘，成穗不足；穗大有餘，結實不足”，並組織助手們，從育種與栽培兩個方面，採取措施加以解決。
20世紀80年代初期，面對世界性的饑荒，袁隆平心中再一次萌發了一個驚人的構想，大膽提出了雜交水稻超高產育種的課題，試圖解決更大範圍內的飢餓問題。
1985年，袁隆平以強烈的責任感發表了《雜交水稻超高產育種探討》一文，提出了選育強優勢超高產組合的四個途徑，其中花力氣最大的是培育核質雜種。可是多年的育種實踐，卻沒有產生出符合生產要求的組合。他便果斷迅速地從核質雜種研究中跳了出來，向新的希望更大的研究領域去探索。
袁隆平憑著豐富的想像、敏銳的直覺和大膽的創造精神，認真總結了百年農作物育種史和20年“三系雜交稻”育種經驗，以及他所掌握的豐富的育種材料，於1987年提出了“雜交水稻育種的戰略構想”，高瞻遠矚地構想了雜交水稻的二個戰略發展階段，即三系法為主的器種間雜種優勢利用；兩系法為主的秈粳亞種雜種優勢利用；一系法為主的遠緣雜種優勢利用。這是袁隆平雜交水稻理論發展的又一座新高峰。
在袁隆平的戰略思想指引下，繼湖北石明松1973年在晚粳農墾58自然群體中發現一株不育的光敏核不育材料之後，1987年7月16日，李必湖的助手鄧華風，在安江農校秈稻三系育種材料中，找到一株光敏不育水稻。歷經兩年三代異地繁殖和觀察，該材料農藝性狀整齊一致，不育株率和不育度都達到了100％，不育期在安江穩定50天以上，並且育性轉換明顯和同步。這一新成果，為雜交水稻從“三系法”過渡到“兩系法”開拓了新局面。關於水稻“無融合生殖”研究的進展，也使一系法遠緣雜種優勢利用研究邁出了可喜的一步。袁隆平對雜交水稻研究的前景，充滿必勝信心。