琪琪是一個13歲的實習魔女。依家族慣例，這是時候琪琪應該離開她的家，到一個新的城市去展開獨立的新生活，修行成為正式的魔女。她用她媽媽的掃帚，帶著她最親密的同伴黑貓吉吉出發去開展她的新生活。
琪琪與吉吉在抵達克里克後，飛越過鐘塔附近。這座受到斯德哥爾摩影響的城市對琪琪帶來安全感與獨立自主的心情。
於是琪琪遷入了美麗的海邊城市克里克。起初她不能適應城市的生活節奏，後來在麵包店的女東主索娜的幫助下，琪琪利用掃帚飛行的專長，開了一家快遞公司。
後來琪琪經歷過一些挫折，諸如過了約定送貨時間、送錯物品及遇見粗魯的客人等。她也必須獨自面對她的孤獨、憂慮以及思鄉的情緒。
有一天，她因為一場重病而失去所有的法力。最終琪琪在她的新朋友，特別是一位年輕畫家娥蘇拉的幫助下，克服了這些障礙。
在一次飛船的意外里，琪琪為了拯救她的朋友蜻蜓，在千鈞一髮之際重新獲得了飛行的能力，拯救了他，也漸漸的愛上了這個城市。