從政治學看，腐敗是指公職人員為實現其私利而違反公認規範的行為。其本質是以公共權力為資本，背離公共利益目標，為個人或小集團謀取物質或非物質利益。我國現時的腐敗主要根源於計畫經濟向市場經濟轉型期的制度性缺陷。早在改革開放初期，鄧小平同志就指出，“制度好可以使壞人無法任意橫行，制度不好可以使好人無法做好事，甚至走向反面。”本文基於制度反腐敗論，從分析我國現有經濟制度的缺陷入手，探討具有防治腐敗的內在機制的經濟管理制度設計。
形形色色的腐敗儘管表現形式多種多樣，但是腐敗行為爭奪的“獵物”都是公共權力下的“公共財物”。不論是採取貨幣形式，還是採取實物形式，或是性賄賂形式，最終都可以換算成公共貨幣資金這一單一形式，即通常所說的姓“公”的錢——— 公款。看緊、管好“公共錢袋子”要靠人，但最終要靠制度來約束、規範人的行為。設計一套完善的控制公共資金收支的經濟制度，能真正達到從源頭上預防和治理腐敗，標本兼治的任務目標，更有效、實在地為當前推進黨風廉政建設和反腐敗鬥爭服務。
一、維持財政預算資金完整性的總體制度設計改革開放以來，隨著國家簡政放權的實施，我國的財力分配格局發生了深刻的變化。迄今為止的很長一段時間內，我國財政性資金實質上分割成預算內、預算外、制度外三個部分，且管理力度遞減。納入政府預算的資金只包括預算內資金，部門單位的大量資金游離於預算制度及預算外製度以外，幾乎完全失去監督和控制。大量的案例統計說明，這是貪污資金的主要來源，是產生腐敗的溫床。
要改變這種格局，必須將這相當部分的隱性公共資金置於預算監督的“陽光”下，維持財政資金的完整性。實行統一的部門預算和單位預算管理制度，將所有的部門、單位收支都納入財政預算管理。編制部門預算是已開發國家和大多數的開發中國家加強財政資金管理通行的做法，以使公共資金收支全部處於財政監控之下。部門預算由部門組織編制，凡直接與本級財政發生經費領撥關係的一級預算部門都作為預算編制主體。一個部門一本預算，即各部門的所有收支編制在一本預算中，全面反映該部門一個預算年度內的收支情況。收入預算的編制，不僅包括預算內資金，還包括預算外資金和各種制度外資金。支出預算的編制，則要細化到具體項目，即所有的支出都要有明確具體的安排項目。
二、對“小金庫”逐步以制度規範，直到完全取締部門、單位“小金庫”的泛濫成災是與財政包乾體制下鼓勵單位創收制度密不可分的。在這種制度下，各單位巧立名目，多方“創收”。結果導致“三亂”屢禁不止，眾多的“小財政”、“小金庫”成了貪污腐敗的掩體。目前的“窩案”、“竄案”增加，集體私分“小金庫”是主要形式。
取消“小金庫”，杜絕帳外設帳，必須建立會計核算中心制度，逐步向政府單一賬戶制邁進。會計核算中心從根本上剷除了“小金庫”的生存土壤，從硬體上確保“收支兩條線”，從而徹底割斷“小金庫”與腐敗的因果鏈。在原有的小金庫資金的使用調配權不變的基礎上，將其與部門的其他資金一起全部納入核算中心管理。各部門的財政收支活動都要通過中心核算，所有的資金都在一個統一的賬戶里進出。同時取消各部門單位的銀行賬戶，財務進“籠子”，由中心統一調度。實施這一制度，要實現五個統一。
一是統一發放職工工資。採取編制辦核實人員，人事核准工資，財政核發經費，中心統一發放。二是統一結算會議費、業務招待費等管理費用支出。各項支出，嚴格控制，從嚴審批，中心統一撥付。三是統一採購辦公設備、工程維修項目等。先由部門申請採購項目，經審批後中心編制採購預算表，交由政府採購中心統一採購。四是統一各項事業收費。由中心設立收費代收機構，行使收費權，資金直接上交中心統一賬戶。五是統一實施會計委派。在財務自主權不變的前提下，一律取消各部門單位的會計崗位，由核算中心集中管理，統一開戶，分戶核算。統一的會計核算中心制度，創造了一個制約腐敗的客觀環境，減少了腐敗發生的機率。
三、對截留、挪用國家專項資金的治理對策長期以來，我國採取的是資金逐級撥付制度。分級撥款造成撥款環節過多，監督不力，截留、擠占、挪用財政資金的問題非常嚴重。“雁過拔毛”就是資金撥付中權力腐敗的真實寫照。水利款、扶貧款、救災款、移民資金等專項資金成為眾多腐敗者侵吞的對象，在該領域中大案要案屢見不鮮，防止這類腐敗要從根本上制度創新，實行國庫集中支付制度。