(二)信息技術運用有待增強。一是綜合徵管軟體系統內的數據需要提煉、加工後，才能被稅收分析所使用，數據分析監控報告滯後，使分析工作受到很大限制。二是納稅評估沒分析系統運用力度不夠，人機結合沒有實現，大量評估數據人工計算費時耗力。
(三)聯動機制的各個環節仍需完善。一是稅收分析還停留在對稅務部門內部現有數據的分析上，很少滲透到納稅人財務狀況、經營管理狀況的分析，對數據說明什麼問題，則很少有深層次的分析和建議。且大多是事後分析，缺少事中及事前分析。二是納稅評估工作方法單一，缺乏廣度及深度。評估人員業務素質不過硬和部分評估人員責任意識淡薄，造成評估對象的局限性和評估稅種的單一性。三是稅務稽查聯動執行乏力。從現實的互動機制運行情況看，納稅評估顯然成為了核心，相對於稅務稽查幾乎游離於機制之外。多數的評估案件在評估環節中就已化解，實際工作中為稅務稽查提供的案源寥寥無幾。四是稅源監控不到位。一是處在管理一線的稅收管理員更應首先發現納稅人納稅異常現象，而實際是分析環節、評估環節、數據監控環節發現了問題，然後才督促稅收管理員去調查核實和整改。二是稅收管理員的業務素質不過硬，綜合能力不強，造成稅源管理的質量不高。