由於農民專業合作社覆蓋的地區在落後的農村，在快速發展、質量提高的過程中，還存在著許多困難和問題：一是法律地位尚待明晰；二是規模較小、發展很不平衡。 2009年底，全省4024戶專業合作社平均出資額只有94萬元；從經濟效益看，效益好的合作經濟組織成員戶均增收2－5萬元，少的只有幾百元；三是資金制約，發展後勁不足。
農民專業合作組織是現階段農業農村經濟大發展的“新引擎”，應通過多種形式的宣傳，引導農村積極建立專業合作組織，引導農民積極加入專業合作組織。建議設立專門負責管理農民專業合作社的部門，制定出台符合我省實際的相關法規，包括明確農民專業合作組織的法人地位、宗旨與原則、業務活動範圍、成員權利和義務、財務管理與內部審核、註冊登記、變更、解散與清算等內容，保證其在制度、程式各方面的規範運行。
五、積極扶持外向型龍頭企業
我省近年來培育了一批外向型農業產業化龍頭企業，帶動農產品出口創匯逐年增長，在推動農業發展和農民增收方面發揮了積極作用。但從總體看，我省外向型農業產業化龍頭企業發展滯後，與先進地區相比還有較大差距。
在去年，全省農產品出口企業323家，其中出口100萬美元以上的企業102家，不及山東省的1/10；出口千萬元的企業3家，不及山東濰坊市的1/7。出口產品較為單一、檔次不高。以水產、畜禽、果蔬等勞動密集型和油料作物、茶葉等土地密集型為主，科技含量低，高附加值的加工品比重較小。此外，知名品牌偏少，產品質量不夠穩定，抵禦市場風險能力不足，帶動輻射能力不強等問題，阻礙著龍頭企業做大做強。
發展外向型龍頭企業是發展現代農業的迫切需要，是促進農民增收的必然要求。省政協港澳台僑和外事委員會建議，一方面立足本省培育一批龍頭企業，在土地、稅收、貸款貼息等政策上實行傾斜，如免除建築使用稅、土地使用稅，吸引社會資本投資農產品深加工；加快我省各類農產品企業進出口經營權的擴散，引導和鼓勵現有農業企業發展外向性農業。另一方面藉助外力壯大一批龍頭企業，加大農業招商引資力度，健全農業對外招商項目庫，精心包裝並推出一批現代農業招商引資項目，做大做強招商引資載體，選擇有條件的地方建立省級外向型農業綜合開發區，推進外向型農業集聚發展。此外，還應加快農產品出口基地建設，積極開拓農產品境外市場