靜安佛學院建於1946年春，聘太虛大師為首任院長。後持松法師繼任院長，白聖為副院長。育枚為教導主任，圓明、守成、妙然先後任監學。師資一時稱盛：原金陵大學哲學系主任本光法師講授佛學概論、比較宗教學、唯識論等課程，道源法師講授“賢首教儀”，度寰法師講授因明學，林子青教授講印度佛教史，關德棟、陳詒先教授先後講國文，秀奇法師講授美術。學僧行後就讀者近百人。學風嚴謹，學術氣氛甚濃厚，來院作講座的先後有太虛大師、北平中國佛學院院長周叔迦、法舫法師、能海上師、雪嵩法師、暨南大學牟潤孫教授、金陵大學文學院院長倪青原教授等。第二年，學僧自己創辦了《學僧天地》雜誌，除發表本院學僧研究文章外，為《學僧天地》撰搞的著名人士有南洋慈航法師、佛教學者大醒、法尊、靄亭、南亭、雪嵩、演培、北京大學東方語言學系主任季羨林、著名教育家、作家葉聖陶先生等。因經費困難，僅出六期，但在佛教界有一定影響。1948年初，靜安佛學院曾易名為靜安學苑。
1948年初，靜安寺撥出沿街樓房一處，創立佛教平民診療所，持松法師任所長，白聖任副所長，秀奇、樂觀先後任事務主任，聘費仲華、鄭葆湜、李光佑為內外科主任，李根源為牙科主任。面向貧病之眾，施診給藥，救難拯貧，慈悲濟世。為籌募醫療基金，由持松法師發起，敦請海內書畫名家捐贈作品，舉行義展。當時有張大千、鄧散木、唐雲、白蕉、鄭午昌、馬公愚、施叔范、張炎夫、申石伽等三十多位名家義贈書畫、扇面二百餘件，滬上各大報均以一定篇幅報導靜安寺佛教平民診療所的施診盛況。這一慈善事業，深得社會民眾嘉許。
建國後，上海市人民政府兩次拔款修理靜安寺，成立修復委員會，由圓瑛、持松、葦舫、清定、趙朴初等十四人為委員，圓瑛任主任。1953年，方丈持松法師在寺內建立真言宗壇場，接續了我國自五代以來失傳已久的東密。壇場設於法堂樓上。中間主壇稱“大壇”，是修法時主要壇場，供奉毗盧遮那如來、不動明王、受染明王三尊塑像。左壇稱“護摩壇”是修法時焚點乳香等作為供養的壇場，上供普賢延命金剛，後掛“金剛界大曼荼羅”。右壇稱“聖天壇”，上供如意輪觀音菩薩，後持“胎藏界大曼荼羅”。東西兩壁掛傳承真言宗的八大祖師畫像，分別為龍猛、龍智、金剛智、不空、善無車、一行、惠果、空海。東邊一室，中供孔雀明王，兩壁掛密跡金剛和真言宗歷代祖師法系表。西邊一室，左供奉大黑天，右供奉訶利帝母。兩壁掛十二諸天：東壁為月天、地天、毗沙門一、風天、水天、羅剎天；西壁為日天、梵天、伊舍那天、帝釋天、火天、炎摩天。從此，在持松法師主持下，寺內日常修習密法，每年春秋兩季舉行修法大會，傳授密法，為弟子灌頂。每逢香期佛誕，全寺開放，香客遊人，一時稱盛。1966年“文革”中，寺廟遭受嚴重衝擊，佛像被毀，法器文物等劫掠一空，僧眾被逐，整座寺宇被改為工廠。
1983年，靜安寺被國務院列為全國漢族地區佛教重點寺院之一。這是黨的十一屆三中全會之後，拔亂反正，黨的宗教信仰自由政策，得到認真落實，靜安寺也進入了一個新的發展時期。1984年，上海市佛教協會成立靜安寺修復委員會。由會長真禪法師任主任，副會長賈勁松副主任。在廣泛徵求佛教界及有關專家學者意見的基礎上，決定按原樣恢復。僧人也陸續返寺，一批倖存的古文物也相繼歸還。1985年靜安寺修復開放後，淦泉法師任住持。
在黨和政府的領導關心下，全寺僧職人員共同努力，堅持農禪並重的傳統，勒儉起家，從零開始，自養自立，香火日盛，法務再興。1985年，靜安寺修復真言宗密壇期間日本高野山真言宗第二次“空海入唐求法至長安之路”訪問團參訪靜安寺，團長內海有昭、副團長靜慈圓、秘書長前有隆，贈送了部分密壇法器，使真言宗壇場得以較快恢復。同時建立了“持松法師紀念室”，陳列持松法師海內外弘法的照片、生前著作、書畫作品、日常起居用具等。1987年，度寰法師任住持。1988年，新建大雄寶殿，由趙朴初居士題額。
1988年3月度寰法師圓寂後，同年10月，由真禪法師兼任靜安寺方丈。香港李國慶居士夫婦捐獻漢白玉觀音菩薩立像一尊，供奉於圓通殿。次年，新加坡居士劉庚宇等捐資從緬甸請回高3.6米的釋迦牟尼玉佛坐像，供奉於大雄寶殿。1994年，新建三層樓僧寮與上客堂，文物樓、寺務處辦公室先後落成。是年十月舉行持松法師誕辰一百周年紀念與持松法師佛學思想研討會，美、日、新加坡、馬來西亞、菲律賓、印尼等國及港台地區佛教界友好人士、北京、江浙鄂皖、本埠諸山大德、學者專家、護法居士近千人與會，盛況空前。落實政策以來的十年，靜安寺的發展與修復成就，超過了以往任何歷史時期。
此外，建於明正德年間的位於寶山區羅店鎮上的玉皇宮，於1988年改稱梵王宮，作為靜安寺下院，由靜安寺前監院從達法師住持。靜安寺在自身修復的情況下，仍然拔出款項，支持梵王宮的修建開放。1993年，梵王宮改名“寶山淨寺”，更具規模。中國佛教協會會長趙朴初曾親赴禮佛，並為安養院題辭：“老有所終，大同理想。報眾生恩，法老為上。如奉父母，如敬師長。美哉梵宮，不殊安養。”