進入大殿後的寬敞天井，空地上有一座三層銅製寶鼎和一對石燈台。廣場周圍建築都是兩層樓閣，東西兩廂的樓上東邊是專供海外女賓來寺院時的四套客房，按春夏秋冬季節特點布置有明式床寢家具，但配有現代化的衛生設備。西樓上是沉香閣常住比丘尼們的寮房。樓下東廡是客堂，千手觀音殿和伽藍殿，伽藍殿內供有一尊明代木雕伽藍神關羽像。西廡是祖堂，祖堂內供著沉香閣(慈雲禪院)歷代祖師蓮位，和1943年起即卓錫於此、並一生弘揚《華嚴經》的“華嚴座主”應慈法師的蓮位。
天井正面的建築，可以說是全國獨特的。從庭院向上看，正中四根立柱架起一重飛檐，檐上一個懸空亭閣，東南西全部落地窗。這就是全國聞名的沉香閣的閣，趙朴初居士為之題額為“南海飛渡沉香大士寶閣”。登兩側的樓梯而上，立即可聞到芳香馥郁，到此方是真正的沉香閣。雖然名稱為閣，實際上，閣只是凸出向外的十乎方的小閣，放幾把明式單背的椅子和高腳花幾而已。
閣的後面的就是一個觀音殿，上面張掛著繡有“南海寶筏飛渡沉香大士”的歡門和四條風幡。正面一個大佛龕，龕前一張明式楠木大供桌，明黃色瓷五供具，恰到好處地陳列在供桌上，二尺高的縷空香爐內，飄出縷縷檀香味。佛龕兩側有銅製伽藍神和兩童子像。佛完內供的就是沉香觀音。這尊沉香觀音，又名如意觀音。觀音呈坐像，原高三尺，是用特別名貴的沉香木雕就，故而得名。屈右足於坐上，右肘倚於右膝上，左手支撐於座上，頭微右側，作凝思狀，花冠纓絡，莊嚴慈祥。傳說，據《隋書》記載，隋大業四年(608)，隋煬帝派大臣常駿出使南方國家，賜贈中國工藝品等禮品，赤土國回贈沉香觀音一尊，常駿回到長安，正值隋煬帝巡遊揚州，常駿等從淮河乘船趕往揚州，途上遇風翻船，沉音觀音沉落淮河。直至明代潘允端發現後，奉回上海，建閣供於此處。據說原來每逢雨天，沉音芳馥四溢。可惜“文革”之中不知去向。
現在的沉香觀音，是由沉香閣住持觀性法師1990年專程去泰國，從泰國募集到一段極其珍貴的真正的沉香木，價值一萬多美元。運回上海，配以上等檀香木，照原樣放大重雕而成，其神態和工藝水平，不遜於原像。閣的樓下為慈雲堂，裡面裝修、布置簡潔古雅，正中北壁一長几、一八仙桌、兩張靠椅，兩側各四張靠椅，居上空地一張園拼桌，四個鼓形園凳。全部明式紅木所制，無桌圍椅披，高雅而有氣度；所有擺設，不過是左右各一座黃梨木獨幅屏風，紅木長几上一大理石插屏和一對花瓶而已。正面壁上一幅彩描觀音中堂和兩副對聯，分別由趙朴初居士和真禪法師所撰書：
趙朴初所撰為：
花海沉思洞明自性；
旃檀香風恆可眾心。
真禪法師所撰為：
無我無人觀自在；
非色非空見如來。
慈雲堂西面是貴賓接待室。東面是方丈室，現沉香閣住持為觀性法師。觀性法師，現已85歲高齡，現任中國佛教協會常務理事，上海市佛教協會副會長，曾任南市區人民代表、區政協委員，又兼慈修居住持。由她帶領這兩個比丘尼道場的六七十比丘尼和二十多位佛學院尼眾班學尼熏休修持。沉香閣東北部重建了一幢明式建築的小樓，現為“應慈法師紀念堂”，堂額為趙朴初居士所題。底層是一個小法堂，二、三樓陳列著反映應慈法師生前弘法利生事業的珍貴照片、著作、手跡和遺物。
二樓堂中應慈法師遺像兩側，真禪法師為其親教師所書對聯：
霞月宗風不墜佛海圓融曾講三譯華嚴冗稱教主；
永懷無私慧照幸侍師門靈山盛會依然一真法界。
應慈法師(1882一一1965)，俗姓余，安徽歙縣人。一生以弘揚華嚴宗為宗旨，自號“華嚴座主”，晚年又起別號“拈花老人”。16歲依普陀山明性禪師出家，1900年依寧波天童寺寄禪法師受具足戒，先後參鎮江金山寺大定1揚州高旻寺月朗常州天寧寺冶開、揚州寶輪寺月霞法師等高僧。1906年與月霞等同得法於冶開法師，成為臨濟宗第四十二世，法號為顯親。以後隨月霞法師講經、辦僧教育。1917年任常熟興福寺方丈。同年末，月霞法師圓寂時，囑應慈法師：“善弘華嚴，莫作方丈。”次年春，應慈法師即辭住持與持松，自任監院。此後，終身以弘法講經為己任。1943年起移錫慈雲禪院(原為比丘道場，即現沉香閣)，二十年間多次講三十(卷本)《華嚴經》、四十《華嚴》、六十《華嚴》和八十《華嚴》。建國以後，自1953年起任中國佛教協會常務理事，1954年任上海市佛教協會名譽會長，1957直任中國佛教協會副會長，1962年任中國佛教協會名譽會長。1954年被選為上海市第一屆人民代表，一直連任至1965年圓寂於沉香閣。應慈法師在遺囑中，希望“後輩弟子及學人在共產黨的正確領導下努力學習，加強改造，擁護政府政策法令，積極為社會主義建設事業，貢獻自己的力量。至要至要。”
沉香閣的東部，建有一幢綜合樓。樓下是能供二三百人用餐的齋堂，在佛教節日和香期中，為佛教信徒們供應有廣東風味的素齋。在二樓上，還設有一個小巧精緻的餐廳，古色古香，裝飾有貼金的寶相花圖案。尤其是一幅精美的壁塑，按河南鞏縣石刻原樣複製的北魏“帝王禮佛圖”，更顯得古雅莊重。這個餐廳在上海佛教寺院，甚至大賓舍館中，也可稱得上第一流的。樓上是上海佛學院尼眾班的教室和學尼們的案房，每廟都有二十多位學尼，來自全國各地。現在已招收第四屆學員。以前畢業的學員都已受過具足戒，並分配在本市的各個尼庵中或佛學院中，擔任著重要的執事和教師，成為一代新的比丘尼接班人。