2、鄉鎮水利站改革應堅持三個原則。一是堅持以人為本、有情操作的原則，立足於水利事業的長遠發展和社會穩定，妥善制定人員安置方案。二是堅持實事求是、因地制宜的原則，根據湖區、丘陵、山區、平原等不同特點，合理確定改革模式。三是堅持有利發展、促進發展的原則，把建立農村水利事業發展的長效機製作為改革的根本目標。
3、鄉鎮水利站改革應做到三個結合。一是水利站改革與水管單位體制改革相結合。有條件的地方可把水利站併入水利工程管理單位，並按照水利工程管理體制改革的要求，嚴格定性定編，積極推行管養分離。二是水利站改革與水價改革相結合。要抓住水價改革的契機，理順水價形成機制，同時大力發展農村供水等，進一步拓展水利站服務領域和發展空間。三是水利站改革與農村水利發展相結合。要抓住黨中央、國務院和省委、省政府高度重視"三農"問題，加大農村水利建設投入力度的機遇，以體制與機制的創新，促進農村水利事業與水利站自身同步發展。
4、鄉鎮水利站改革要搭建好發展平台。要結合實際，組建農村水利經濟技術服務實體，作為促進農村水利事業發展新的載體和平台。一方面協助政府搞好防汛抗旱、水資源管理等方面的工作;另一方面以市場化方式，承接面廣量大的小型水利工程的規劃、設計、施工及運行管理任務。
5、鄉鎮水利站改革應妥善解決人財物問題。一是要通過競爭上崗的方式，擇優選配水利助理員，使其真正做到懂水利、愛水利、乾水利。二是要充分考慮分流人員的正當權益和要求，妥善解決退休人員的供養問題，為分流人員自主創業、自謀職業創造必要的條件。三是要及時對撤併的水利站進行清產核資，妥善解決水利站的債權債務問題。
6、鄉鎮水利站改革要加強組織領導。改革是一項系統工程，關係到農村水利事業的發展，關係到水利職工的切身利益，改革過程中的人員分流、債權債務處理以及改革後新的基層服務組織的生存與發展都離不開國家的政策與資金支持。要加強組織領導，制定完善的改革方案，做好職工的思想工作，爭取各級政府和有關部門的支持，確保改革的各項工作健康有序地進行。