(3)缺乏穩定高效的籌資渠道。儘管新農合強調農民參加要以自願為原則，但為了保證參合率，目前參合民眾個人籌資部分主要還是採取行政推動、層層包乾、實績考核的辦法，由基層幹部挨門逐戶收繳，耗費了大量的人力、物力和財力，籌資成本較高。
(四）“新型農村合作醫療制度”的建議。
新型農村合作醫療是涉及千家萬戶、維繫農民健康的“民心工程”，在農村，村幹部要從執政為民、以人為本和建設 和諧社會 的高度，充分認識開展新農合工作的重大意義，把這項造福廣大農民的大事抓緊、抓實、抓好。
(1)繼續深入開展宣傳教育工作。要結合本村實際，加大宣傳力度，改進宣傳方法，利用多種方式，幫助民眾算大帳、算細帳、算長遠帳，引導他們克服僥倖心理，轉變單純“受益”的觀念，強化健康投入和互助共濟意識，增強參合自覺性和主動性。要廣泛宣傳醫療服務機構不同的報銷比例和醫生用藥告知制度，切實保障農民權益。要強化和普及農村健康知識教育，建立農民健康檔案，切實提高農民的衛生意識和健康水平。
(2) 完善農村醫療服務監管機制。要建立合作醫療定點服務機構的準入和退出機制，採取有效措施減輕農民醫藥費用負擔。加強對醫療機構管理人員和醫務工作人員的教育，提高政策和業務水平，堅持實行用藥告知制度，進一步規範醫療行為，改善服務態度，保證廣大參合農民享受到優質的醫療服務。堅持按期公布收支賬目，及時公示農民個人醫藥費用核銷情況，並擴大公示範圍，廣泛接受監督，提高農民對新農合的信任度。
(3)加強對新型農村合作醫療的組織領導。要加強對有關部門的組織協調，做好新農合制度的實施、推進和監督工作。財政、宣傳、農業、民政、食品藥品監管、扶貧以及紀檢監察、物價、審計等有關部門要各司其職，明確責任，密切配合，共同推動新農合工作的開展。