還有，糧食收購者未及時向售糧者支付售糧款，經售糧者舉報並查實，由糧食行政主管部門責令改正、予以警告。《條例》規定，按照所欠時間的長短，確定其罰款的額度。在實踐中，我們發現，就南通地區而言，農民直接向收購者出售糧食的幾乎沒有，而是農民在家門口直接將收穫的糧食出售給那些“游村串戶”收購糧食的糧販子，也即所謂“農民經紀人”。而“農民經紀人”再將收購的糧食出售給領有《糧食收購許可證》的糧食收購者。很顯然，“農民經紀人”與“糧食收購者”是糧食經營者之間的關係，即使他們之間存在欠付款問題，嚴格地講也難以適用此條，而應該依據《契約法》來規範。
這裡有必要就“糧販子”的問題進行討論。所謂“糧販子”也即所謂“農民經紀人”，他們“游村串戶”直接從農民手中收購糧食，他們才是真正的糧食收購者，而這些大量的“農民經紀人”的收購行為恰恰是《條例》難以規範的。由於這些人素質的參差不齊，且又沒有經過任何法律知識的培訓，農民的利益往往由於他們當中一些人的違法而直接受到損失。因此，怎樣規範這些人的收購行為值得立法者去認真研究。
《條例》規定,跨省收購糧食應當向收購地的縣級人民政府糧食行政管理部門備案並定期報告糧食收購數量。按照工商登記的一般要求，經營地點應當與登記相一致，從某種意義上說，即使按《條例》不可實施處罰，亦可按照工商登記的法規進行處罰。再者，跨省只須備案，跨縣收購又該怎么規範？
《條例》規定，運輸糧食應當嚴格執行國家糧食運輸的技術規範，不得使用被污染的運輸工具或者包裝材料運輸糧食。這就要求糧食行政主管部門對糧食的運輸進行事前監督、事中監督和事後檢查，而事前對運輸工具的檢查，糧食行政主管部門的監督檢查人員在其職權範圍內很難有大的作為，或者說很難具體操作。
以上僅對《條例》的幾個條款作了簡單的分析，至於對像《條例》規定的最高最低庫存量以及是否執行糧食的應急預案、對操縱糧食價格的認定等條款就更容易出現爭議。
因此，我們在看到《條例》積極意義的同時，更要在實踐中就貫徹《條例》的過程中所存在的問題進行深入的探討和研究，並將意見反饋給立法機關，以使《條例》從法律意義上更趨完善和更便於操作。同時，我們還應該看到，各地有著不同的具體情況，應該制定各地的《實施細則》。