c.科技投入少。XX年，全國保健食品企業全年科研項目的經費支出僅占銷售收入的1.55%;而廣告宣傳費平均占銷售收入的6.54%，由於科技投入少，所以技術水平高、保健功效好的新產品就很少。
(2)企業問題
a.保健食品不實宣傳問題十分嚴重：廣告用語明顯帶有功效性，甚至有的公司篡改的廣告中還以中國營養學會等機構和組織的名義，為產品的功效做證明，違反了《保健食品廣告審查暫行規定》，誤導了消費者。《食品廣告發布暫行規定》第九條明確規定：食品廣告中不得使用醫療機構、醫生的名義或者形象。
b.非法添加違禁物品問題時有發生。添加違禁藥品比較突出的情況包括：在生產調節血糖保健品中加入降糖藥;在生產減肥保健品時添加興奮類藥物;在生產抗疲勞保健品時混入“偉哥成分”;在生產改善睡眠保健品時添加安定;在生產“增高”類保健品時摻進激素;在生產免疫調節保健品時添加一些中樞食慾抑制劑。
c.保健食品企業生產條件較差問題尚未得到根本性改變。
d.非法生產經營保健食品的問題率禁不止。
(3)法規需進一步完善
需儘快加強對生產條件的審批，設立複查制度，對新功能的審批進行規範，對轉讓產品進行限制。
(4)消費者的誤區
許多消費者把功能性食品當成藥品。其實功能性食品不是藥品，其區別主要體現在：
a.藥品是用來治病的，而功能性食品不以治療為目的，它重在調節機體內環境平衡與生理節律，增強機體的防禦功能，達到保健康復的目的。
b.功能性食品要達到現代毒理學上的基本無毒或無毒水平，在正常攝入範圍內不能帶來任何毒副作用。而作為藥品，則允許一定程度的毒副作用存在。
c.功能性食品無需醫生處方，沒有劑量的限制，可按機體的正常需求自由攝取。
三、發展功能性食品的措施
中國保健食品市場是一個有著巨大潛力的市場，高速增長的國民經濟是保健食品業發展的基礎，中國經濟發展中居民消費結構的變化是保健食品發展的特殊機會，因此規範保健食品市場迫在眉睫。
1.加緊進行保健食品專項整治、力爭取得好成果
(1)與工商部門聯手整治廣告宣傳;
(2)開展保健食品標籤、說明書自查自糾;
(3)進行保健食品質量抽查;
(4)組織保健食品企業生產條件重新審查。
2.完善保健食品審批工作
(1)利用衛生部網路，徵求意見;
(2)審批過程和情況，能上網的儘量上網公開;
(3)建立檢驗機構“問責”制;
(4)完善毒理和功能評價程式，加強對保健食品功能與功效成分的研究。
3.儘快出台新版《保健食品管理辦法》
(1)省級初審內容的調整;
(2)申報單位生產條件的審查;
(3)設保健食品批准證書有效期;
(4)檢驗機構認定和責任的規定;
(5)必要時對保健食品進行重新審查。
4.促進企業自律和誠信行為
(1)企業要強化自律和誠信的意識，遵紀守法。自律要做到“責任、誠信、科學、規範”;
(2)加強行業組織和領導;
(3)政府要規範企業的行為，有法可依，執法要嚴;
(4)加大科技投入，創造中國名牌;
(5)發展規模經濟，打造中國保健食品的“航母”;