三、歷史弊端
由於受經濟條件的制約，在農村，“小病挨、大病拖、重病才往醫院抬”的情況司空見慣，目前因因病致困返貧現象嚴重，農村需住院而未住者達到41%;西部因病致貧者達300—500萬。農村的貧困戶中70%是因病導致的。自1985年以來，雖然農村居民收入也在不斷增長，但增長幅度明顯小於城鎮居民。剔除物價因素，1985—1993年農村居民收入年均實際增長3.1%，而同期城鎮居民收入年均實際增長4.5%，國內生產總值年增長速度為9%。1988年以後，農村居民實際收入增長基本處於停滯狀態，1989—1993年農村居民收入年均實際增長僅為1.4%。但與此同時，農民醫療支出大幅上升。以安徽省為例，xx年前三季，農村人均醫療支出42.82元，與上年同期37.69元相比，上升了13.6%;其中醫療衛生保健人均支出19元，已接近上年人均全年支出20.2元。1990年人均全年壓療支出14.41元，1998年歷史最高為52.11元，1999年為51.65元，XX年間增長了2.52倍，而 XX年間農民純收入增長也僅是2.52倍。 而且在全國的保障制度中，農民被排擠在保障體系之外。農村社會保障始終處於我國社會保障體系的邊緣，有相當部分社會保障的內容將整個農村人口排擠在保障體系以外。我國農村的經濟發展水平仍然非常低下，多數農村居民收入水平偏低，承受能力弱，相對於城鎮社會保險改革進度而言，農村社會保險僅局限於部分富裕地區試點階段，家庭保障仍是農村社會保障的主體。 以醫療保險為例，我國當前進行的醫療保險改革不同於已開發國家，最大的原因就在於它不是全民醫保，而只是城鎮職工的醫療保險改革，目前是解決公費醫療負擔過重問題，保障基本醫療服務。而農村合作醫療制度雖然曾在農村被廣泛實踐過，但幾經周折，最終由於各種原因而解體。
四、實施中的一些問題
1、社會滿意度低
社會保險中最基本最重要的一點就在於，它強調的不是個人成本收益的平等，而是保險金的社會滿意度[7]。新型農村合作醫療作為一種社會保險，受益的農民和政府補助資金來源的納稅人的滿意度對其成功與否具有舉足輕重的作用。而調查中發現一些農民不參加新型農村合作醫療主要是基於新型農村合作醫療的保障水平低，農民了解不深，怕政策有變，認為是把自己的保險金拿去補償別人了等的考慮。而參加新型農村合作醫療的農民不滿主要是因為保障水平低，參加和理賠程式繁瑣等。此外政策不公等導致新型農村合作醫療制度的社會滿意度低。
2、 障水平低
新型農村合作醫療制度是以大病統籌兼顧小病理賠為主的農民醫療互助共濟制度。這個定義顯示出新型農村合作醫療制度是救助農民的疾病醫療費用的而門診、跌打損傷等不在該保險範圍內，這項規定使得農民實際受益沒有預想的那么大。
3、 型農村合作醫療的宣傳不到位
現有的宣傳多集中在介紹新型農村合作醫療給農民帶來的表面好處上，沒有樹立起農民的風險意識，也沒有體現出重點，沒有對那些不參加的農民進行調查，使得宣傳大多停留在形式上。許多農民並不真正了解新型農村合作醫療制度的意義，他們僅從自己短期得失的角度考慮，由於自己身體好，生病住院的機率低，沒有必要花那個冤枉錢。還有一些農民認為它跟以前的義務教育保證金一樣，最後被政府騙走了，認為是把自己的保險金拿去補償別人了。宣傳也沒有把具體的理賠標準發給農民，使得他們在理賠時，看到那么多藥費不能理賠一些農民有被欺騙上當的感覺。