（二）配套政策不夠到位。鄉鎮合療辦沒有專職工作人員，全是其他工作崗位的同志兼職，無辦公場所，無辦公經費，無信息化設備，但合療涉及千家萬戶，工作量大面廣，在如此情況下，很難完成縣合療辦按政策下達的各項任務。我們從合療辦了解到止9月底還有10個鄉鎮（城關、洄水、紅椿、蒿坪、高橋、班桃、東木、繞溪、界嶺、苗河）參合人員登記表、10個鄉鎮（煥古、雙安、金川、燎原、城關、蒿坪、洄水、班桃、界嶺、苗河）合療基金票據都沒有報上來，給合療辦在審核報銷時增添了工作難度，也不利於今後全縣合療工作開展。
（三）報銷範圍窄，農民受益面小。農民交10元錢，他們希望每一分錢都要得到回報，而目前實施的農合制度是以大病統籌為主的合療制度。調研中，民眾反映，一是住院補償比例總體偏低，補償的範圍過窄，而由住院產生的次生費用很大，加上路費、餐宿費、誤工費等，一些人認為花了冤枉錢，就算得到了一定補償，仔細算算反而不划算。農民受惠程度不高。例如紅椿盤龍村李文波在西安唐都醫院住院，共花了2萬多元，跑了無數次實際只報了7030元；二是缺乏對合療醫院有效的監督機制，高收費、超範圍檢查、超範圍用藥的行為無法監督和控制，降低了農民的實際受惠程度的量和面；三是貧困人員雖由民政代交了合療基金，但是由於無子女照顧，或者是因為交不起醫院起付線以下的費用和補償後的自付費用，導致難以享受到合療優惠政策；四是普遍反映農村患胃病、風濕關節炎、結核、婦科等慢性病的人多，而這些病又沒有納入合療範圍，交了錢也享受不到合療優惠政策。
（四）鄉鎮衛生院服務能力弱，不能滿足農民的就醫需求
一是基礎設施差，條件簡陋。如燎原鄉民眾就醫不方便，而鄉衛生院只有三張病床，住院租旅社，而且陰暗潮濕（有人說這樣的條件好人都要住成病人）。二是醫療設備落後，各鄉鎮衛生院醫療設備根本無法滿足民眾的醫療需求，個別衛生院內、外、婦、兒科室不健全，缺乏基本的急救設施設備，病人不放心在這樣的醫院就醫。25個鄉鎮衛生院只有11個鄉鎮中心醫院有一般的急救設備，其它鄉鎮衛生院均還是以老“三大件”（血壓計、體溫計、聽診器）和醫生工作經驗看病。三是人才缺乏，鄉鎮衛生院專業技術人才引不進、留不住、各科室普遍缺少專業骨幹，民眾對基層醫院不信任，只能捨近求遠。如紅椿外科、婦產科都沒有技術人員，有b超但沒有人會操作；界嶺鄉人大在聯動視察合療工作時反映，界嶺鄉衛生院幾乎沒有開展合療工作。苗河鄉衛生院只有2個人，合療工作量大面廣，滿足不了民眾就醫需要。而全縣212個村衛生室基本都是私人個體，更無醫療設備，難以滿足民眾醫療需求。四是醫德醫風建設要加強。許多農戶反映，同樣一個感冒，在鄉村醫生那隻花二十多元，而到定點醫院卻要花費幾百元，一些比較常見的小病，醫生卻要病人作各種檢查，小病大看現象時有發生。另外，部分定點醫院的醫生服務意識差，對新型農村合作醫療制度了解太少，給患者開一些可用可不用的藥品，增加了醫藥費用，有的醫院存在空掛床現象，有套取合療資金的嫌疑。如高橋龍潭村任支書反映他們村在公布的報銷名單中有肖天生的名字，但該村並無此人。