五、對員工新開發智慧財產權如何獎酬，大部分企業還很不規範。除已建立完善智慧財產權管理體系的合資合作企業外，大部分企業對員工新開發智慧財產權的獎勵很不規範，沒有明確的規定。有的是在決定晉升、評定獎金時作為參考，有的是給予一定數額的獎勵，但對於具體數額和獎勵的時間都沒有明確，因而發明人、設計人權利的實現無法得到保障。沒有規範的獎酬措施，必然會挫傷員工發明創新的積極性，也必然會影響合資合作企業的市場競爭力。儘管在專利法和實施細則中都有給予發明人和設計人獎酬的相關規定，但在具體的實踐中，員工不一定有這個意識，而且要主張自己的合法權益也有一定的難度。因此，我們建議在合資合作企業中推廣相應的智慧財產權管理制度（智慧財產權代理），並將員工的智慧財產權獎勵機製作為其中的一個重要部分。
六、外方只許可轉讓低層次的專利技術，不轉讓核心技術。外方為了在經濟上達到控制中方和或合資合作企業的目的，同時避免過於引人注目或投入過多產生風險，往往不刻意以有形資產作股權控股方式，而採取在智慧財產權方面加以控制。由於合資合作企業中往往採用的是外方投入或許可使用的技術，其智慧財產權控制方式更能以小投入達到強勢控制的目的。如外方在許可中方使用其專利技術時，往往只給中方低層次的技術，而涉及到核心技術的，外方就要求中方購買具體的設備或配件，這樣一來，中方既得不到核心的技術，又在生產上依賴外方的設備或配件。另外，還有的外方在轉讓、許可中方使用專利技術時不轉讓、許可使用相關的其它專利技術，使得受讓方僅憑受讓技術無法生產時，外方再高價向中方兜售其相關專利技術，中方陷於被動局面而不得不支付高額使用費。對此，企業在引進技術時應對外方轉讓、許可的技術認真進行檢索、分析，不僅要了解引進技術，還要了解其它的相關技術。
七、中方原有商標在合資合作後被淡化。我們以前經常提到的一個最典型的案例就是“美加淨”商標，90年代初，家化以三分之二的固定資產，以及“美加淨”、“露美”兩個銷售額達3億元的品牌與一家國際著名跨國公司合資。然而，該外方公司卻以控股為手段，將“美加淨”和“露美”束之高閣，致使消費者對這兩個品牌越來越陌生。而合資後留下的母體家化，由於沒有了“美加淨”和“露美”的支撐，銷售額一年中銳減54%。通過這沉痛的教訓，企業領導終於認識到智慧財產權的重要性，花重金“贖回”了這兩個商標。然而，90年代的悲劇到如今的21世紀初卻仍在上演，為占領市場，多賺利潤，有些企業在合資合作後往往會啟用外方的商標，有時也是因為外方為了擴張自身品牌，而要求企業這么做。產品可能是好賣了，但中方原有的商標卻被淡化了，實際上，這不僅是無形資產的流失，更會影響企業的長遠發展。中方不僅每年要支付大筆的商標使用費給外方，而且一旦合資期滿，外方撤走自己的商標，中方再想到要用自己原來的商標時，這個商標早已被消費者遺忘了。浦東有一家中日合資企業，中方原有的商標僅用了一年，第二年外方把他們的商標加在中方的商標前面，到了年底，外方增資以後，就完全改成了外方的商標，中方原有的商標被擱置至今已有六、七年，消費者再也不會在購買這個商品的時候想起這個商標，要耗費巨資重新打造品牌，不論從人力、物力、財力和市場風險的角度看都十分艱難。
八、企業面臨合資期滿後智慧財產權權益如何分配的問題。同樣也是在90年代初，益民食品一廠有限公司和香港屈臣氏合資成立了屈臣氏食品有限公司，但合資時對智慧財產權並無明確的約定。合資企業生產的“蔓登琳”牌各類冷飲非常暢銷，企業也每年投入幾百萬元為這個牌子做廣告。但由於當初辦理商標註冊是以外方名義申請的，所以中方並無利潤可分。合資企業解體時，香港屈臣氏帶走了全部冷飲的專利權和“蔓登琳”商標，而用他們“慷慨”留下來的設備做出來的冷飲卻受到了對方侵權的警告。企業現在的合資合作也還在面臨同樣的問題，企業在成立初期並沒有對智慧財產權的歸屬做出明確的約定，合資合作到期了，智慧財產權應該怎么分配，中方企業很少有想過這個問題，只是有些快要期滿的企業開始擔憂這個問題。當然，這與企業現有的智慧財產權管理體系、中外方在企業中所占的股權，中外方的合作形式都有關係。其實按照公平合理的原則，雙方可以協商將智慧財產權經評估折價後歸一方所有，或轉讓後由雙方按股權分配，或是繼續共有。在實踐中，如果是中方經營管理並控股的，中方還有可能按照公平合理的原則爭取自己的合法權益，但如果是外方控股的公司，到企業拆分的時候，中方很難分到其應有的份額，如果原來就是由外方申請並擁有智慧財產權的就更是如此。