就這次實踐過程中來說，筆者覺得主要有以下幾個方面的問題：
1.政策制定與實地發展情況相脫節：
舉例來說，體現在藥品相關政策和鎮衛生院定位的轉變上。在前文中也有提到，藥品收入是醫院的業務收入一大重要來源，零差價使得這塊完全不存在，然而相應地，其配套措施（如補償機制）並沒有跟到位，導致了醫院的尷尬處境。另外，鎮衛生院也普遍存在基本藥品目錄很難滿足患者醫療需求。對於鎮衛生定位向基礎公共衛生服務的角色的轉變，就其目的來說，是非常合理的，但筆者在調研過程中，也聽到了不少
“其他措施沒有跟上，轉變太早，面對需求量很少”這樣的聲音。
2.市民缺乏對合作醫療政策的了解：
在對市民的採訪過程中發現，很多人對於這些政策本身並不是非常了解，甚至存在對合作醫療的誤解，比如鮮有人知道報銷的起付和封頂線、可報銷的醫療服務類別等等。這種政策作用對象不了解政策的情況，對於政策的推行和完善是極為不利的，也就是說，他們只是作為一個被動的接受者，卻很少發出自己的聲音，作為政策完善的參考依據。
3.基層醫療從業人員待遇有待提高：
這點集中體現在非編制醫生。當地的非在編的醫生的工資的計算方法為：無基礎工資，完全根據業務收入乘以某百分比得到（一些醫生的月收入僅在1700餘元），沒有保險等福利，“工作量大，報酬低”成了很多醫生的寫照。
除此之外，還有一些其他的問題，比如藥價的不規範（主要體現在未實施零差價的衛生服務站，並且有人覺得存在藥品經新農合報銷後還不如原藥價便宜的情況）等。
一路走來，筆者看到了一個又一個領導緊鎖的眉頭和無奈的神情，除了被動地等待市政府優惠和扶持政策的出台，緩解目前緊張的財政經營狀況以外，衛生院又該如何在有限的資源和空間內尋覓發展之路，改善醫院的業務開展情況和管理效率，在為老百姓提供更優質更全面的服務的同時，拓寬收入來源最佳化資金運轉呢？總結各家醫院的經驗和嘗試，我認為鎮醫院不能因為資金、人員和設備等各方面的局限就放棄對業務範圍的拓展和結構的最佳化。人民的健康觀念和醫療需求是在不斷地變化的，作為基層的衛生機構，只有適應老百姓的需要，及時的改善自身的經營狀況，才能獲得長期發展的活力。比如可以在居民中大力宣傳體制檢查的重要性，普及以預防為主的科學的健康觀念，鼓勵或組織居民參與查體工作，既能對該地區民眾的健康狀況有積極作用，又可以在低成本的前提下提高醫院設備的利用率，創造新的利潤點。又比如保持醫療技術的提升和更新，調整醫療人員的結構，重點培養特色科室、開展高增收的業務，比如許多醫院正準備建設但由於人才隊伍不健全而還沒實現的中醫科，只有加大對重點科室人員的技術培養和業務更新，相應合併和減少一些技術陳舊落後、收入偏低的科室，才能實現人員的最有效配置，並為患者提供更好的服務。