當然，不可否認，指導檢查工作中也存在著一些不足：個別組作用發揮的起碼是不全面，如，知識競賽、演講比賽、筆記展評活動在選手推薦上就出現了空白；個別成員對自身學習抓的不緊，要求不嚴；個別成員還不能把主要精力投入到指導檢查工作上來。存在重視本職業務工作，放鬆指導檢查的現象；個別指導檢查組工作組織不嚴，分工不明，對上級精神把握不夠準確，指導檢查不深入細緻；極個別同志還不是很注重個人形象。對於這些問題各組務必引起重視，儘快加以解決。
二、紮實有序推進第二階段各項工作
x月x日全市深入學習實踐科學發展觀活動將轉如第二階段，即分析檢查階段。這一階段非常關鍵，是學習實踐活動承前啟後的重要階段，這一階段工作做好了，整改落實就有了明確方向，就有了堅實基礎。我們必須按照上級的部署要求，緊密結合各縣（市、區）、各單位實際，繼續深化學習提高，注重抓好關鍵環節，堅持突出實踐特色，高質量的做好各項工作。概括的講，就是要開好一個會議，抓好兩個環節，保證兩項活動，發揮五個作用，注重七方面問題，達到一個目標。特別是要按照剛才高書記在領導組會上對分析檢查階段提出的做好七點的要求，認真抓好第二階段工作。
開好一個會議。就是做好準備，開好轉段會。各縣（市、區）、各單位要在前一階段工作的基礎上，紮實準備、迅速行動，高標準、高質量、多形式地開展轉段工作。各指導檢查組要結合工作實際和各單位特點，對轉段工作進行分類指導和重點督導。第二階段的轉段不再經活動辦公室指導組備案，由各指導檢查組把關，對沒有按要求完成第一階段工作任務的，要嚴格按照進度服從質量的要求，指導督促儘快補課，缺啥補啥，趕上步子，特別是規定動作一個都不能減。
抓好兩個環節。分析檢查階段要著重抓好召開領導班子專題民主生活會和黨員專題組織生活會、形成領導班子貫徹落實科學發展觀情況的分析檢查報告兩個環節。首先，要開好領導班子專題民主生活會，進一步凝聚科學發展的共識和合力。這是搞好分析檢查的重要依據，民主生活會要嚴格按照“四個不開”的要求，做好四件事:一是廣泛徵求意見,認真梳理調查研究中發現的突出問題和基層民眾反映的突出問題.結合學習實踐活動,徵求意見的範圍可以根據單位實際適當擴大,特別注意徵求服務對象,相關部門和基層幹部民眾的意見.各縣（市、區）、各單位要制定具體方案,各指導檢查組可以與聯繫單位共同研究.二是開好以支部為單位的專題組織生活會.三是領導班子成員之間開展相互談心活動.四是領導幹部要認真撰寫專題民主生活會發言材料,作為領導班子分析檢查報告的依據和重要補充.總之，要指導各縣（市、區）、各單位突出抓好意見徵求、查擺問題、會議發言、整改提高等關鍵環節，確保民主生活會質量和效果，力求做到在真誠交流中廣泛徵求意見，在深刻查擺問題時不走過程，在查擺問題中堅持邊查邊改。其次，要形成高質量的分析檢查報告，進一步明確科學發展和整改落實的思路措施。分析檢查報告是學習實踐活動的中心環節,它既是前段活動成果的集中體現，也是下步整改落實的主要依據。只有通過分析檢查報告把問題找準確、把根源弄明白、把思路搞清楚、把對策定科學，才能做到解決問題有的放矢、推動科學發展有所遵循。要指導聯繫單位在深入查找影響科學發展突出問題、影響社會和諧穩定的難點問題以及民眾反映強烈的熱點問題上下功夫，要指導聯繫單位在科學制定對策措施上下功夫，針對分析檢查出來的問題，找準各縣（市、區）、各單位貫徹落實科學發展觀的切入點和突破口，明確推動科學發展的主要方向、總體思路、工作要求和主要舉措，提出加強領導班子自身建設的具體措施。