“兩委”在工作中普遍存在的主要矛盾：爭權奪利
村黨支部和村民委員會選舉產生後，步入正常工作不久，有的村逐步在村務決策和管理上不斷產生矛盾，並使矛盾日見突出，有的關係還比較緊張，影響了正常的工作。一般表現為：一是爭權奪利矛盾暗生。村民委員會認為自已是村民們選舉的，現在是村民自治，應該是自己說了算，因此，做事一般不與村黨支部商量，我行我索，甚至有的時候，連鄉黨委政府的話都不當一回事，使許多鄉村工作顯得異常的被動。村黨支部則認為村民委員會是在村黨支部的領導下開展工作的，村民委員會這種不請示不匯報的行為是對村黨支部的蔑視，於是，凡是村民委員會擅自布置的工作和其它所有村務工作都一概否認，使許多村民在村上辦不了事。“兩委”關係緊張還主要表現在，經濟管理權屬的爭執上，都認為村級的經濟應該屬於自己管理才對。所以明爭暗鬥，矛盾日見突出，村里顯得很是不太平起來。二是推拉扯皮矛盾上升。村黨支部和村民委員會都是選舉產生的，因此，新上任的村幹部，都不敢大膽地管理，該說的不敢說，該管的不敢管，怕失去下屆的選票，甚至有的村幹部為了在村民們面前喜功賣好，有權有利的事爭著管，無權無利或得罪村民們的事就互相推著、滑著，誰都不願意去做，出了問題，就你推我滑誰都不願承擔責任，矛盾不斷加深。三是互相拆台矛盾激化。有的村民委員會喜功好大，素質低，不尊守村規民約，與村黨支部比高低，爭大小，因此，就發展到了你上樹我扯腳、互相打小報告、否認對方功過是非的現象，有的時候竟然面對面吵架爭執不休，矛盾公開化。有的還發展到你在村上，我就不在，幾個村幹部竟然很難走到一起，村民找村幹部辦事找不到村幹部的現象時有發生，嚴重地影響了村務的工作等等。
化解村民自治中的矛盾關鍵在於：切實加強政策引導，完善村級管理制度，全面推進農村民主法制建設。
認真分析村民自治中的矛盾問題，有的矛盾是老村級組織的時候本來就有的，延伸到了村民自治當中，成了新問題，但更多的是村民自治當中出現的新問題新矛盾。這主要是由於農村推行村民自治、讓農民自己當家做主人這種新型制度與原有的的思維模式、領導方式、管理體制、工作方法發生了碰撞的結果；主要是一時打破了原先村級幹部考察任命、最佳化組合的方式，把村中的當家人拿給村民自已民主推選，因此在組織實施、引導村民選舉過程中不可避免地出現了一些漏洞，把那些素質低、甚至是有過違反亂紀的人選進了班子等原因；主要是對“兩委”新班子的業務指導、政策教育不夠及時，配套管理跟不上，管理制度缺位，職責不分，村黨支部不知道管些什麼、村民委員會不知道幹些什麼，村黨支部缺乏民主意識，村民委員會缺乏工作經驗，村級所制定的有些管理制度落不到實處等等所至。提出這些問題不是講村民自治有不好的地方，村民自治是我們黨順應農村經濟體制改革和政治體制改革的要求，而做出的正確選擇，是合民心順民意的大事，它全面深化了農村體制改革，極大地推動了農村經濟社會的全面發展。但關鍵是我們如何引導、教育、組織村民搞好自治的問題。
針對以上在村民自治的選舉過程中存在的問題和“兩委”班子的一些矛盾問題，可以從以下幾個方面來進行做工作：一是在選舉過程中做到政策宣傳到位、業務指導到位、選舉措施定到位，充分發動民眾，依靠民眾，切實堅持公開、公正、公平的原則，真正把民眾擁護、有真才實學的人選出來，完全體現選民意願，保正選舉質量。二是村民自治必須堅持黨的領導。黨管農村是一個重大的原則問題，只有正確地堅持黨的領導，才能使村民自治得到有力的保障和保持正確的方向，在健康的軌道上發展。但在具體的工作中要指導他們，搞清楚堅持黨的領導的含義，搞清楚什麼是堅持黨的領導，什麼不是堅持黨的領導，只有這樣才能夠很好地地堅持黨的領導。三是規範村民自治的決策和管理程式。制定和完善村務管理辦法，理清職責範圍，明確職責關係，強化農村民主法治建設等都是解決村民自治中矛盾問題的關鍵。
只有不斷注意改善村民自治中“兩委”班子的協調工作，才能使村民自治永放光芒。