（二）保證歸檔手續完備。檔案移交前各立卷部門應將各類檔案收集齊全，並編制案卷目錄、全引目錄，經檢查無誤後，一次性向檔案室移交，並認真填寫移交清冊。
第四章 檔案保護
第十四條 檔案室對接收的檔案應進行科學的分類、加工、整理、排列上架，並進行妥善保管。
第十五條 所辦公室負責對檔案室進行維護，設定專用庫房，並保證有充足的檔案櫃。
第十六條 維護檔案安全，保證檔案庫房堅固，安裝防盜、防火、防蟲、防鼠、防潮、防塵、防高溫等設施。檔案管理人員應經常檢查檔案保管情況，對破損或變質的檔案要及時修補、複製或進行其它技術處理。
第十七條 保證檔案庫房內清潔，無非檔案用品；檔案排列科學，整齊美觀，便於查找。
第五章 檔案的統計和利用
第十八條 檔案室應根據管理工作需要，編制必要的目錄、專題卡片等檢索工具，編纂檔案檔案彙編等參考資料，積極主動地提供利用，為各項工作服務，為檔案管理手段現代化創造條件。
第十九條 檔案室應建立檔案登記、統計制度，設定登記本、統計薄冊，對檔案的收進、移出、保管、利用等情況進行統計。應認真完成檔案統計表填報任務，向農業部檔案部門報送《農業系統檔案工作情況統計表》。
第二十條 檔案的借閱，應嚴格執行檔案借閱制度。
本所各部門和職工個人借閱檔案應認真填寫借閱申請表經所辦公室主任同意，基建財務檔案借閱應先經計畫基建財務處處長同意，科技檔案應先經檔案立卷部門、科技與產業發展處處長同意。
外單位借閱本所檔案須先出示單位介紹信、借閱人身份證後，再按上述借閱程式辦理。
借出的檔案，不得私自轉借、拆散、塗改，借閱人要負責保密和保管，不準攜帶檔案離開檔案室，複製檔案須經所辦公室主任同意。
第二十一條 職工調動工作，必須在歸還所借檔案後，方可調離；檔案管理人員調動工作時，應在離職前辦好交接手續。人事管理部門應健全和嚴格執行此項制度。
第六章 檔案的鑑定、銷毀和移交
第二十二條 檔案室要定期對已超過保管期限的檔案進行鑑定、銷毀。鑑定工作由檔案室負責，組織有關人員成立鑑定小組對到期檔案進行審查、鑑定。鑑定工作結束後，應寫出鑑定報告，對確無保存價值的檔案進行登記造冊，經分管所領導批准後方可銷毀。
第二十三條 銷毀檔案應指定專門的監銷人，以防止檔案遺失和泄密。監銷人要在銷毀檔案清冊上籤字。
第二十四條 機構變動時，應對檔案做出妥善處理。
（一）機構撤銷或合併時，其檔案應向檔案室移交。沒有辦理完畢的檔案材料，應移交相應部門繼續處理。
（二）批准恢復或新成立的機構，應從正式行文批准之日起單獨立卷、歸檔。
（三）各種臨時工作機構撤銷時，其檔案材料應向有關部門或檔案室移交。
第七章 獎勵與處罰
第二十五條 檔案室每年組織檔案考核工作，對本所各部門檔案工作進行考核，並實行獎懲。
（一）對遵守本辦法，認真完成檔案收集、整理、立卷工作，或在編研和業務指導方面成績突出，或在開發利用檔案信息資源取得重大社會效益和經濟效益的部門或個人，給予表彰。