第十條 企業在申報項目時須經省級科技主管部門推薦。出具推薦意見前，須徵求同級財政部門對項目的意見，並將推薦項目名單抄送省級財政部門備案。
第十一條 通過受理審查的項目，管理中心組織專家和評估機構進行評審、評估。根據評審、評估意見，管理中心本著“擇優支持”的原則，提出創新基金支持的項目和金額建議，報科學技術部、財政部審批。經科學技術部、財政部審批的項目正式立項。
第十二條 創新基金項目實行契約管理，正式立項的項目由管理中心與項目承擔企業、推薦單位簽訂契約。
第十三條 創新基金項目資金在契約簽訂後分兩次撥付。
採用無償資助方式支持的項目立項後撥付70%，項目驗收合格後再撥付其餘資金（第二次撥款）；採用貸款貼息方式支持的項目立項後按企業有效借款契約及付息單據核定的應貼息數額撥付80%，項目驗收合格後再撥付其餘資金（第二次撥款）。
第十四條 管理中心依據契約金額每年分批編制立項項目用款計畫，報財政部審批。
第十五條 管理中心每年根據項目驗收情況分批編制二次撥款計畫，報財政部審核。
第十六條 財政部對管理中心報送的立項項目用款計畫和二次撥款計畫審核後，將創新基金項目資金指標下達到項目所在地省級財政部門，並按照財政國庫管理制度的有關規定辦理資金支付。
第四章 監督管理與檢查
第十七條 省級科技主管部門負責當地創新基金項目的日常監督管理和驗收工作；省級財政部門負責對當地創新基金的運作和使用進行監督、檢查，參與項目的驗收工作；管理中心負責制訂項目監督管理和驗收的工作規範，組織實施項目監督管理和驗收工作，分析總結項目執行情況。
第十八條 項目承擔企業應按要求定期填報監理信息調查表（半年報、年報）。省級科技主管部門可委託地市級科技主管部門或國家級高新技術產業開發區管委會對項目執行情況進行檢查和監理。管理中心根據企業監理信息調查表、省級科技主管部門的監理意見、省級財政部門的檢查意見、實地檢查情況等，提出項目執行情況分析報告，報送科學技術部、財政部。
第十九條 省級財政部門、科技主管部門應加強對創新基金項目的跟蹤問效。科技主管部門應將本地區項目監理信息匯總情況抄送省級財政部門。省級財政部門要定期抽查項目執行情況，對於所轄地區創新基金使用管理情況提出年度執行情況報告，下一年度4月底前報送財政部，同時抄送管理中心。
第二十條 項目承擔企業應嚴格執行國家有關財經法規、財務規章制度，認真履行契約，科學、合理、有效地安排和使用創新基金撥
款，保證專款專用，嚴禁截留、挪用。
第二十一條 項目承擔企業須對項目資金進行單獨核算，並接受有關部門的監督管理和檢查。無償資助項目承擔企業，在收到創新基金撥款後作為專項應付款處理，其中：形成資產部分轉入資本公積，消耗部分予以核銷；貸款貼息項目承擔企業，在收到創新基金撥款後作為沖減當期財務費用處理。