第二十二條 省級財政部門、省級科技主管部門對創新基金項目實行定期檢查，管理中心實行重點檢查。財政部、科學技術部採取委託有關監督檢查部門抽查、社會中介機構檢查以及社會監督相結合的方式，加大對創新基金實施過程的監督檢查力度。
第二十三條 企業在項目執行過程中如有重大違約行為，將終止契約並採取通報、停止撥款、追回項目資金等相應處理措施。需追回項目資金的，由管理中心負責監督企業將未使用的扶持資金如數上繳國庫，已形成資產的將資產變現後上繳國庫。
凡違反創新基金有關管理辦法及國家財經紀律、財務制度的行為，將視情節分別依據國家有關法律、法規的規定處理。
第五章 附則
第二十四條 本辦法自發布之日起施行。創新基金有關規定與本辦法相牴觸的，按本辦法執行。科學技術部、財政部《關於印發<科技型中小企業技術創新基金項目實施方案（試行）>的通知》（國科發計字[1999]260號）同時廢止。
第二十五條 本辦法由財政部會同科學技術部負責解釋。