要運用流程管理的方法去改善企業管理制度，首先要弄清流程和制度的關係。應該說，二者之間既有區別，又有聯繫，是對立統一的關係。
管理思想的不同
不同的企業適用於不同的管理模式，而採用“制度導向”的管理還是“流程導向”的管理，取決於管理者所基於的不同假設：“人性本善”和“人性本惡”。
“制度導向”是採取“以堵治水”的辦法，基於的管理假設是“人性本惡”。簡單的說既是“假如你不做，按制度進行處罰；你要膽敢再犯，加倍處罰；看你還敢嗎？”。應該說，這是一種典型的消極管理模式。
“流程導向”更多的是一種“以導治水”，其基於的管理假設是“人性本善”，特點是以完成工作步驟、順序作為核心，結合組織結構、人員素質及其他資源，站在公司的角度，來設定流程；它是企業管理原則的很好載體；它提倡以“對自己職責的本分”、“對上下游的積極信任”的態度來有效運作流程。
局部觀念與全局觀念的不同
從“流程”的定義中可以了解到“流程導向”是為實現某項功能的一個系統，系統可大可小，整個企業是一個系統，根據不同的分類原則內部又可以分為若干個獨立系統，各系統之間都會通過各流程系統之間的接口建立起緊密聯繫，最終織成一個涵蓋全局的網路系統。
而“制度導向”更多的是針對局部出現執行力問題而採取的獎懲措施，包括對執行人主觀態度以及客觀過失造成公司損失的處理。
思維定勢的不同
很多管理人員感嘆流程執行難，解決這個問題，不同的管理文化導向表現不同的管理模式。“制度導向”管理模式的公司，管理者考慮的是“是不是處罰太輕了？”，隨即修改制度加重處罰力度。
而“流程導向”管理模式的公司，管理者更多的會從流程實際使用最佳化的角度出發。管理者把更多的精力花在“如何使流程標準更最佳化”上。通過流程的最佳化來改善員工的行動效果。
儘管制度與流程具有理念和思路上的根本差異，但從某種意義上說，二者又是同一個事物的兩個側面，相互之間具有密切的聯繫：
流程是制度的靈魂
如果制度不能反應流程，就像失去了靈魂，它的執行一定會出現問題。所以制度無法執行時，往往是它所包含的流程有問題。
企業管理中常常會遇到“法不責眾”情況，如果頻繁出現這種情況，就說明一個制度或規定是不合理的，而不合理的地方往往是它相關的流程與實際情況不符，使得業務流程“兩張皮”的現象無法避免。
制度是流程得以執行的保證
制度是因流程而存在的，通過適當制度的執行推動流程的執行。
流程是建立在對功能團隊信任的基礎上而設計的，對於因個體原因而影響流程功能實現的現象，只有通過制度進行約束，才能得以制止，進而建立流程的威信。
“制度”的激勵作用可以促使流程改善
過去制度更多的是“處罰”的代名詞，實際上，制度中的獎勵要比懲罰更容易起作用。而且激勵因素往往會促使大家更多的主動關注流程，從而使流程得到最佳化。