從研究方法論上講，制度經濟學是德國歷史學派在美國的變種，二者一脈相承。因為，歷史學派和制度學派在方法論上，都反對主流經濟學所使用的抽象演繹法，反對19世紀70年代以來主流經濟學家越來越重視的數量分析方法。他們強調製度分析或結構分析方法，認為只有把對制度的分析或經濟結構、社會結構的分析放在主要位置上，才能闡明資本主義經濟中的弊端，也才能弄清楚資本主義社會演進的趨向。他們反對把資本主義社會看成是抽象的“經濟人”的組合，把資本主義經濟的變動看成是“自然的”規律起作用的結果。他們認為，個人首先是一種“社會人”和“組織人”，而不是“經濟人”。作為一種社會存在，除了物質經濟利益以外，人還追求安全、自尊、情感、社會地位等等社會性的需要。因為人所做出的選擇，並不僅僅以他的內在效用函式為基礎，而且還建立在他個人的社會經驗、不斷的學習過程以及構成其日常生活組成部分的個人之間相互作用的基礎之上。因此，人的行為是直接依賴於他生活在其中的社會文化環境的。所以，應當從每個人的現實存在和他與環境的關係方面，從制度結構、組織模式方面，從文化和社會規模等方面去考察人的經濟行為。如果只是單獨考察個人的動機來發現經濟規律，那將是只見樹木不見森林的片面做法。因此，制度經濟學採取歷史歸納方法和歷史比較方法，強調每一個民族或每一種經濟制度都是在特定歷史條件下進行活動或發展起來的，而主流經濟學所闡明的規律性並無普遍意義。
制度學派在美國產生伊始，就以批判資本主義制度本身的缺陷和局限性為己任，強調有必要進行改良，調整資本主義的各種經濟關係，並預言美國資本主義的唯一出路在於社會改良。因此，制度學派從它產生之日起，就被看作是一個以異端形式出現的經濟學派別，其代表人凡勃倫和康芒斯等，更因著述批評當時在資產階級經濟學中處於正統地位的馬歇爾理論，指出資本主義經濟和自由市場經濟制度並非是完美無缺的，而被看成是“離經叛道者”。這是早期制度經濟學十分顯著的理論特色。
20世紀60年代，制度學派的經濟學家又以歷史分析的方法，探討產權制度變遷的理論。最重要的代表人物是加爾布雷思，此外還有包爾丁、海爾布羅納、華爾德等。他們在研究方法上的基本特點是，採用制度分析或結構分析方法，說明社會經濟現實及其發展趨向，揭露資本主義制度的現狀與矛盾，提出要從結構方面進行改革的構想或方案。這一時期的制度學派在研究方法上取得的成就顯得尤為突出。