第十八條、職工醫療保險基金支出按規定劃分為社會統籌醫療基金支出和個人帳戶醫療基金支出。離休人員和老紅軍納入職工醫療保障制度改革範圍的，還包括離休人員和老紅軍醫療保險基金支出。(一)社會統籌醫療基金支出是指應由社會統籌醫療基金開支的醫療費支出。包括社會統籌醫療費支出、利息支出、上繳上級支出、補助下級支出等。(二)個人帳戶醫療基金支出是指應由個人帳戶開支的醫療費支出。包括個人帳戶醫療費支出、轉移支出等。(三)離休人員和老紅軍醫療保險基金支出是指應由離休人員醫療保險基金報銷的離休人員和老紅軍醫療費支出。
第十九條、財政部門根據職工醫療保險基金預算和收支進度及社會醫療保險事業機構的撥款申請，按月從財政部門在銀行開設的“醫療保險基金”專戶中撥付到社會醫療保險事業機構在銀行開設的“醫療保險基金支出”戶，再由社會醫療保險事業機構根據職工醫療保險契約將所需款項撥至醫療機構等。
社會醫療保險事業機構的“醫療保險基金支出”戶除接受財政“醫療保險基金”專戶轉入職工醫療保險基金外，原則上只支不收。
第二十條、職工醫療保險基金當年入不敷出時，按下列順序予以解決：(一)經同級財政部門批准，動用歷年滾存結餘中的存款。(二)存款不足彌補時，已建立職工醫療保險基金風險調劑金的地區由上級部門負責調劑解決;調劑後仍不足以解決或者沒有建立風險調劑金的地區，可按照財政部有關規定轉讓或提前變現以職工醫療保險基金購買的國家債券。提前變現國家債券具體辦法由財政部商有關部門另行制定。(三)轉讓或兌付國家債券仍不能解決時，可經同級財政審核並報省(自治區、直轄市)政府批准後調整繳費率，調整後的繳費率超過職工工資總額%的應報財政部審批。(四)採取上述措施仍無法解決的，同級財政可給予適當補貼。
第二十一條、離休人員和老紅軍醫療保險基金超支時，由原資金渠道解決，即：行政機關，金額預算管理的事業單位和差額預算管理的全民所有制醫院，由各單位預算內資金開支;差額預算管理的其他事業單位及自收自支預算管理的事業單位由單位提取的醫療基金中開支;企業在勞動保險費中列支。
第二十二條、社會醫療保險事業機構要積極試行對醫療機構按平均費用定額結算等付費制度，與定點醫療機構、銷售藥品的單位簽定有關基本醫療保險服務範圍、項目、費用定額等內容的契約，明確責任、權利和義務。付費結算期原則上為個月。
第五章基金結餘
第二十三條、職工醫療保險基金結餘是指職工醫療保險基金收支相抵後的餘額。包括社會統籌醫療基金結餘、個人帳戶醫療基金結餘。離休人員和老紅軍納入職工醫療保障制度改革範圍的，還包括離休人員和老紅軍醫療保險基金結餘。
第二十四條、職工醫療保險基金結餘除留足一定的支付費用外全部用於購買國家債券。
各地區、各部門、各單位和個人不得利用職工醫療保險基金結餘在境內外進行其他形式的直接或間接投資。
第六章資產負債
第二十五條、資產是指社會醫療保險事業機構在職工醫療保險基金籌集、使用過程中形成的現金、國庫記憶體款、銀行存款、國家債券、暫付款等。