2、底稿中存檔的審計報告沒有嚴格執行簽字並蓋章制度。如註冊會計師只蓋章沒有簽字或只簽字沒有蓋章；將不應作為審計報告附屬檔案的內容作為附屬檔案。如在報告正文有附送會計報表的情況。
3、新所和小所對業務定書重視不夠。沒有業務約定書、約定書要素不完整或內容不恰當的情況，被審計企業未蓋章，未明確出具報告日期或無簽約日期或有效日期，簽約日期晚於報告日期，不恰當限定年度審計報告的使用範圍等。
法律意識不強是今年業務檢查發現的較為普遍的問題。我們認為，事務所審計業務如果涉及法院、公安等相關部門，上述存在的問題將會導致事務所及註冊會計師承擔不必要的法律責任。
（二）綜合類項目存在的問題
1、普遍不重視審計計畫的編制。有的事務所未編制審計計畫。或者具體審計計畫固定化，沒有根據項目的實際進行調整以適應項目的需要。對審計程式表執行情況的說明一般不予重視，減少審計程式未經有關責任人批准，在實際執行過程中隨意性很大。審計計畫中沒有對企業的相關風險因素進行分析，對重要性水平的確定沒有過程及依據，沒有審計目標的描述，對以前年度審計的描述簡單，沒有費用預算，對重要的審計領域與科目的審計程式沒有說明。
2、事務所普遍對期初餘額的關注程度不夠，沒有獲取可以信賴的期初餘額的有利證據，也沒有執行相應的審計程式；對影響本期的大額結轉項目沒有進行追查，未充分考慮期初餘額對會計報表的影響。
3、沒有審計總結。未編制符合性測試記錄、審計差異匯總表、試算平衡表。
4、符合性測試目的不明確，符合性測試的結果與實質性測試的時間、性質、範圍沒有形成對應關係，體現不出制度基礎審計的特點。對符合性測試樣本量確定的依據沒有充分的說明。
5、未單獨建立永久性檔案，對首次接受委託項目的，收集長期檔案資料不齊。
（三）實質性測試存在問題
1、對往來款項的函證情況普
遍執行不到位。對應收款項、應付款項的審計程式有的只有賬賬核對、賬表核對，缺少必要的賬齡分析和函證程式；有的雖然發函但在回函很少的情況下，沒有執行任何替代程式即予以確認。如某事務所對某物資公司的審計，公司其他應收款金額為7225萬元，占資產總額34.74%，未實施函證的審計程式，也未執行任何替代程式即予以確認。
2、存貨監盤程式普遍實施不到位。對實物資產的審計，一般只取得了客戶提供的明細表或者盤點表，沒有事務所的監盤或抽盤記錄，有的雖然有盤點或抽盤記錄，但沒有將盤點日的數據倒扎至報告日進行核對，使執行的審計程式不能達到審計目的；對因客觀原因不能執行監盤或抽盤的實物資產，沒有執行相關的替代程式；底稿中缺乏審計人員對大額資產產權的關注，如金額較大的固定資產的發票、進口設備的報關檔案、在建工程的施工許可證、房屋與土地使用權證及其有關的抵押事項等。
如某事務所審計的某裝飾工程存貨金額為1234萬元，占總資產38.77%。其中工程施工1230萬元，註冊會計師未按工程項目編制明細表，未關注工程進度情況，也未進行實物監盤的審計程式。
3、長期投資底稿未標明投資比例及核算方法。對於契約約定所占比例較大的投資，沒有檢查長期投資是否採用權益法核算，沒有對當期損益的調整是否正確，以及是否應編制合併報表進行判斷。
4、收入確認不符合相關準則的規定。如某施工企業當期會計報表確認收入15.3億元。註冊會計師沒有取得工程結算收入的確認依據，沒有結合工程契約、工程進度等進行收入確認的判斷，沒有考慮收入確認方法隊會計報表的影響。
5、被檢查的多數事務所普遍存在對現金流量表審計的工作底稿不充分問題。
6、收集的審計證據不充分、不恰當，不足以對審計結論形成有力的支持。審計人員大量地複印企業的總賬、明細賬、記賬憑證及原始憑證，盲目地蒐集無效的審計證據，沒有對證據的分析與職業判斷軌跡與記錄；有的出現審計證據不支持審計結論或二者不一致的情況；有的蒐集審計證據不充分且目的性不強，憑證抽查比例過低，不能成為支持審計結論的依據；部分審計項目，對於重要事項沒有取得審計證據，檢查人員無法進一步判斷對審計意見的影響。
如某公司主營業務收入增長106.30%，但主營業務成本只增長了20.41%，XX年度收入增長主要為銷售給單一客戶,銷售額為2,389萬元，其中應收賬款為1,437萬元，該銷售無主營業務成本。該交易為臨近資產負債日進行的重大異常交易，註冊會計師沒有充分關注交易對象的財務狀況、銷售規模、償債能力等；審計人員未對相關契約條款進行認真檢查，未關注其銷售是否符合收入確認條件；未關注公司是否已實際發貨，未查閱到交貨手續，未取得相關驗收合格的證明。