一是實行分審。主要是相對社會審計組織整合人員而言。對有一定審計能力又能獨立執行審計任務的社會審計組織整合人員，實行才取其長，用當其宜的做法，讓其獨立承擔審計項目，各自組成審計組分別實施審計。這種方式利於配合，提高效率。
二是實行協審。將審計機關、社會審計整合的人力實行搭配重組，由審計機關的人員擔任主審，唱好主角，社會審計人員進行協審，優勢互補，可以及時地選準突破點，找準結合點，踏準落腳點，減少分審後再度核查的麻煩，降低不必要的審計風險。
三是實行輔審。考慮到內部審計職能的差別和熟悉內部情況的實際，單獨行使審計有一定難度，可以在資源整合後為審計人員輔審。一方面，可向審計人員詳盡地介紹情況，使工作儘快切入。另一方面，在審計過程中，可向審計幹部學習審計業務，提高水平。再一方面，審計人員可藉助內審成果，突出重點地審計，達到提質增效的目的。
此外，審計資源整合要兼顧各方的利益和非人力資源資本的分配關係，充分調動整合各方的積極性。
三、質量是重點
基層審計組織體系的資源整合，是應對人手少，任務重的一項措施，是新時期新形勢下的一種審計手段，其根本目的是推動經濟社會發展和促進廉政建設及對權力運行的監督制約。因此，審計資源整合後，要把工作重點放在保證審計質量和服務水平上。作為推行審計資源整合的基層國家審計機關，在資源整合後，針對審計質量問題，應注意把好“三關”：
其一是把好審前檢查關。不論是哪種形式的組合審計，都要對方案的制定與修改、審計調查與對被審計單位情況的了解、初步執行分析、重要性水平和風險評估以及審計通知書等審前準備的質量進行檢查和把關，防止出現紕漏影響實際操作和審計質量，以此打好基礎，保障項目合規進行。
其二是把好實事求是關。事實是審計質量的前提，能否實事求是，是衡量審計質量的標誌。因此，審計機關要對審計組把好實事求是關。檢查是否以實事求是的態度履行程式、調查取證、數據計算、保守秘密等，通過加強覆核和查驗，以求真務實的態度提高審計質量，向社會作出滿意的交待。
其三是把好客觀公正關。資源整合審計的重心依然是客觀公正，通過審計評價和建議，實現審計的最終目的，以終端產品實行優質服務。審計機關要基於這一目標認真把好客觀公正關，以應有的審計質量和服務水平回答來自各方面的疑問，以利於繼續推行審計資源整合審計。