一篇完整的論文主要有標題、摘要、關鍵字、正文、注釋、和參考文獻這六部分組成。注釋是指論文中的一些專業辭彙的解釋。一般通過兩種途徑可找到，一種是通過專業工具書(專業詞典)。另一種最簡便的方法就是在搜尋引擎(百度、谷歌、雅虎等)裡面輸入該專業辭彙即可查到。許多作者不了解參考文獻與注釋的區別，相當多的人將參考文獻作為注釋寫於當頁之下，這是不規範的。
《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》中十分清楚地規定：“參考文獻是作者寫作論文著作時所參考的文獻書目”，一般集中列於文末;注釋是對論著正文中某一特定內容的進一步解釋或補充說明，一般排印在該頁地腳。參考文獻序號用方括弧標出，而注釋用數字加圓圈標註(如①②……)”。可見，參考文獻與注釋有著顯著的區別，作者在撰寫論著時應嚴格將其區分開來標註.
參考文獻和注釋對於一篇科研論文具有重要的意義。雖然並非每篇論文一定要有參考文獻和注釋，但完整、規範的參考文獻和注釋，能使論文顯得更具有科學性、客觀性，為論文更添一份可信度，同時也有利於大型資料庫的建立以及對文獻數據進行交換、處理、檢索、評價和利用。為此，清華大學《中國學術期刊(光碟版)》雜誌社制定了一套技術規範――《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》，對檢索與評價數據主要項目(包括參考文獻和注釋)的名稱、代碼、標識和編排格式等等，提出了一些建議。1999年，新聞出版署發文要求所有進入光碟版的期刊參照執行。該規範的制定和實施，有利於科研成果的信息化。但在參考文獻與注釋的具體注錄中，各種期刊存在著一些明顯不同的做法，從而使這一問題顯得比較隨意和混亂。為此，本文試圖對這一問題進行分析，並對二者的區分與處理作一些探討.
一、“參考文獻”與“注釋”的內涵
(一)關於“參考文獻”，
在學術論文的寫作過程中，我們必然要提及他人的研究成果，因為從科研的規律來看，任何研究都是在前人研究的基礎上進行的。這一提及他人科研成果的過程，就是參考或引用。
《辭海》(1999年版)的解釋是：“參考：參合他事他說而考察之;參酌”;“文獻：原指典籍與賢者。後專指有歷史價值的圖書文物資料。亦指與某一學科有關的重要圖書資料。今為記錄有知識的一切載體的統稱，即用文字、圖象、符號、聲頻、 視頻等手段以記錄人類知識的各種載體(如紙張、膠片、磁帶、光碟等)。”至於“參考文獻”則沒有專門的條目。
我們再看幾個規則的相關規定。
《文後參考文獻著錄規則》(gb7714-87)提出，文後參考文獻指“為撰寫或編輯論著而引用的有關圖書資料”。當然，在這裡，“引用”可以是直接引用原文，也可能是間接引用即借鑑、吸收其思想、觀點;而“文後”二字，則表明參考文獻與正文有明顯區別，即是置於正文之後的一類東西。
《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》的說法是：“參考文獻是作者寫作論著時所參考的文獻書目。”這裡強調“參考”二字，即這些文獻資料對作者寫作該文起了參酌、參照的作用。
《中國高等學校社會科學學報編排規範》(修訂版)關於參考文獻有這樣一段規定：“參考文獻的著錄應執行gb7714-87《文後參考文獻著錄規則》及《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》規定，採用順序編碼制，在引文處按論文中引用文獻出現的先後以阿拉伯數字連續編碼，序號置於方括弧內。一種文獻在同一文中被反覆引用者，用同一序號標示，需表明引文具體出處的，可在序號後加圓括弧註明頁碼或章、節、篇名，採用小於正文的字號編排。”從這段文字可以看出，該規範沒有明確論及什麼是參考文獻，但基本是沿襲前兩個規範的做法，並且明確將引文列入參考文獻。
《中國高等學校自然科學學報編排規範》(修訂版)關於參考文獻有這么幾段話：“為了反映論文的科學依據和作者尊重他人研究成果的嚴肅態度以及向讀者提供有關信息的出處，應在論文的結論(無致謝段時)或致謝段之後列出參考文獻表”，“參考文獻表中列出的一般應限於作者直接閱讀過的、最主要的、發表在正式出版物上的文獻。”在這裡，不僅指明了列出參考文獻的目的，而且就其內容做出了一定的要求。
(二)關於“注釋”：
《辭海》(1999年版)：“注釋：亦稱‘註解’，指對書籍、文章中的詞語、引文出處等所作的說明。”注釋作為書籍和論文的附屬檔案，最早產生於漢代，曾有傳、注、故、訓、箋、疏、章句、解詁等名稱，後通稱為“注”，相對於“白文”而言。當時的所謂“白文本”，即指先秦著作不加注釋、音訓、疏解的純正文本。
我們來看一下有關規範關於“注釋”的說法：
“注釋是對論著正文中某一特定內容的進一步解釋或補充說明”。――《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》)
“注釋主要用於對文章篇名、作者及文內某一內容作必要的解釋或說明。” ――《中國高等學校社會科學學報編排規範》(修訂版)：
“解釋題名、作者及某些內容，均可使用注釋”。――《中國高等學校自然科學學報編排規範》(修訂版)
可以看出，三個規範有關注釋的規定基本一致，但在注釋的對象問題上略有不同，《中國學術期刊(光碟版)技術標準規範》僅限於正文內容，而其他兩個規範擴展到了對題名(或篇名)、作者的解釋。
(三)參考文獻與注釋的區別：
以上是摘錄了各規範有關“參考文獻”和“注釋”的規定。關於二者的區別，《中國學術期刊(光碟版)技術標準規範》明確從內容、形式、編排位置等方面試圖對二者做出區分：
“參考文獻是作者寫作論著時所參考的文獻書目，一般集中列表於文未;注釋是對論著正文中某一特定內容的進一步解釋或補充說明，一般排印在該頁地腳。參考文獻序號用方括弧標註，而注釋用數字加圓圈標註(如①、②…)。”這種規定，努力將二者區分開來，在實際寫作中也具有較強的可操作性，並在實際操作中常常出現這樣兩種情況：一是引文一律被當作參考文獻處理，二是論文中的注釋極少或者說大多沒有。
二、實際工作中存在的問題
規定似乎已經清晰明確，然而在實際操作中，更多的事實是，由於規定的並未精確到位以及以往的習慣，學術論文的作者以及期刊編輯在這個問題上存在太多的隨意與混亂。我們不妨看幾個例子：
《教育研究》(中國期刊方陣雙效期刊)XX年第1 期p30：
注釋：
①樊浩.教育倫理本性與倫理精神前提[j].教育研究，XX，(1).
②王小錫.經濟論理與企業發展[m].南京：南京師範大學出版社，1998.66-71.
…… ……
注1的正文內容為：
“最近，樊浩教授撰文專門探討了‘教育的倫理本性與倫理精神’問題”，提出了倫理精神是教育共同體的人文本性的核心，教育共同體是一個倫理實體的重要論斷。①(p25)
可以看出，這裡的“注釋”，如果按照《中國學術期刊(光碟版)技術標準規範》的規定，分明就是“參考文獻”，但又採用了“注釋”的外在形式――用數字加圓圈標註。
我們再看《南京師大學報(社會科學版)》(中國期刊方陣雙效期刊、中國綜合性人文社會科學類核心期刊)XX年第6期中的幾例：
及至中世紀，基督教徒也高舉自由主義旗幟，宣揚“耶穌就是一個自由探索原則的提倡者，一個創建文明的偉大英雄，正式他使人類從迷信中解放出來” [1](p.83) 。(p5)
在這裡，直接引文被處理為參考文獻：
參考文獻：
[1]弗里德利希·包爾生.倫理學體系[m].北京：中國社會科學出版社，1998. (p8)
再看：
也正是在這個意義上，黑格爾才說，自由作為一種普遍精神，作為現存世界、自我意識以及人之根本意志的根本性規定，就像“重力是物的根本性規定一樣”，不僅為自然界所固有，也為人類所固有;而且自由只有作為意志、作為主體才具有現實性。(p5)
然而，這裡對黑格爾觀點的間接引用，既沒有標為參考文獻，也沒有標為注釋。
我們再看：
所以在英國儘管也有排除司法審查的規定，但法院總是根據“越權無效”的原則使排除司法審查的法律條款要么完全不發生作用，要么只在一個小範圍內發生。① (p49)
這裡則被處理為注釋，排於當頁地腳：
①參見[英].威廉·韋德：《行政法》，中國大百科全書出版社，1997年版，第43-52頁。(p49)
由上述例子可以看出，不同雜誌對參考文獻與注釋的理解不同。即使同一本雜誌，在引用的問題(包括直接引文、間接引文和觀點的引用等)上，有的處理為參考文獻，有的處理為注釋，有的則既不作為參考文獻，也不作為注釋。這一問題上的隨意與混亂由此可見一斑。
概而言之，關於“參考文獻”與“注釋”的區分，無論作者寫作還是編輯對文章進行編輯處理，大致經常遇到以下一些問題，例如：引文究竟屬於參考文獻還是注釋?吸收、借鑑或間接引用他人的觀點，應當如何處理?參考文獻和注釋是否有必要都具體到頁碼?參考文獻與注釋在文中的為止如何安排?等等。
三、參考文獻與注釋的內在區分及現實問題的處理
我們覺得，這些問題的處理，關鍵在於參考文獻與注釋的內在區分。我們認為，參考文獻是業已產生的一些思想成果，即如《辭海》所說，是“記錄有知識的一切載體的統稱”，它的功能在於供作者“參考、參酌”，對作者寫作該文發生了潛在的影響或啟發，是該文得以形成的一些思想來源或依據;而注釋則是作者對文章(包括題名、作者、引文、觀點等)有關內容所作的說明和解釋。前者是他人或自己已經在客觀上產生或形成的觀點，因此，《中國高等學校自然科學學報編排規範》(修訂版)規定為“一般應限於發表在正式出版物上的文獻”，以證實其客觀存在;後者表達的則是作者本人在寫作該篇文章時的想法和意願，即對有關內容的一些進一步的解釋和說明。
因此，參考文獻與注釋的內在區別應該在於誰包含了更多作者本人的思想、觀點、意願。雖然這種作者本人思想、觀點、意願的“多與少”不可能精確區分，但明顯地，注釋中應該包含更多作者本人的思想。也正因為此，所以《中國高等學校社會科學學報編排規範》(修訂版)規定：“注釋集中排在文末時，參考文獻排在注釋之後。”注釋位置之所以在前，更接近正文，暗含了其中包含更多作者意願的意思。再看該規範對“致謝”的處理，可以得到進一步的佐證：“致謝是作者對認為需要感謝的組織或個人表示謝意的文字，排於注釋及參考文獻之前，字型應與正文有所區別。”其理由正在於：致謝雖然不屬於正文，但它是作者明確意願的一種表示，所以相對注釋又應該置於注釋之前。這層意思，正如唐孔穎達疏《禮記·曲禮上》時所說：“注者，即解書之名，但釋義之人，多稱為傳。傳謂傳述為義，或親承聖旨，或師儒相傳，故云傳。今謂之注者，謙也，不敢傳授，直注己意而已。若然，則傳之與注，各出己情。”
根據這一條重要的思路，很多問題都迎刃而解：
1、引文究竟屬於參考文獻還是注釋?
引文目的是為了論證或說明某一觀點，指明引文的出處原屬於“注”;最初的“注”即是如此，而且以前的論文與著作也大多如此處理。但是，這種做法並不妥當。因為，引文中所包含的作者本人的思想明顯是不多的。直接引文常常是擺出一個觀點，以證明或說明作者自己的某個觀點，雖然在引用的過程中暗含了作者的意願，但終究是不明確的，而且作者之所以採用直接引用這一形式，正是試圖顯得這一觀點並非自己的觀點以示科學、客觀。間接引文同樣如此，儘管作者在引用時對原文作了某些處理，如綜述、改變說法等，但觀點仍然是他人的，至少是以前已經產生了的。因此，將引文以參考文獻形式出現，更能顯示作者的客觀、公正，以及對他人成果的尊重，對歷史的尊重。正因為此，越來越多的規則明確將引文處理為參考文獻，這種做法也為越來越多的期刊所採用。而且，下一步也可以考慮將這一做法引入論著中，以利於科研成果的信息化、處理的規範化。
然而，有不同意見者認為，這種做法“實際上使參考文獻承擔了部分原本屬於注釋的功能，而淡化了參考文獻自身應有的作用。”[1]我們認為，這一說法值得商榷：第一，現在的做法確實將以前屬於注釋的一部分功能――指明引文出處歸入了參考文獻，但是，這一功能並非原本就屬於注釋。“注”的最初含義是“述也，解也”(《集韻·遇韻》)，即“給書中字句作解釋”，傳、注、故、訓、箋、疏、章句、解詁等名稱都是此意。指明引文出處這樣的簡單工作是不足以稱為“注”的。《辭海》(1999年版)認為注釋包括“對書籍、文章中的引文出處所作的說明”並不恰切，或者說，與它自己對“注”與“釋”二字的解釋不相符。第二，這種做法不會“淡化參考文獻自身應有的作用”。參考文獻就是起一個“參酌、啟發”的作用，文中的引文無疑早已發揮了這一作用。至於“未必成為正文中引述的對象，可能僅僅對作者寫作該文有某些參考價值，或潛在的影響或啟發”的參考文獻，可能有，但決不會很多。從各方面考慮，引文還是列入參考文獻較為妥當。
2、吸收、借鑑或間接引用他人的觀點，應當如何處理?
這一問題，實際上也就是間接引用的問題。正如前文所述，應以參考文獻形式標明。一篇論文的寫作，必然是建立在無數前人科研成果基礎上的。為了表示對前人成果的尊重，凡是文中採用了他人的觀點(特別是比較新的觀點。當然不可能是所有觀點，因為有些觀點也許早已經成為公認的觀點，根本沒有必要標明)，即使是融合在文中提出的，但也應該以參考文獻形式註明。現在已經有越來越多的期刊如此處理。
3、參考文獻和注釋是否都有必要具體到頁碼?
我們覺得，凡是引文類(不管直接引文還是間接引文)的參考文獻應該儘量做到具體到頁碼，這樣做有利於真正標明智慧財產權，有利於減少二手材料，有利於防止抄襲，也有利於讀者的進一步了解。然而，文中引用的某些觀點可能來自對某一論著的概括，某些論著或觀點也許僅僅對作者起了一定的啟發作用，這樣就沒有必要具體到頁碼。
注釋一般就不存在指明頁碼的問題，因為它本來就是作者寫作該文時的一些思想、觀點的表現，只不過採用了一種比較特殊的形式而已。我們看韋伯的《新教倫理與資本主義精神》，注釋在文中不是充當了一個重要的角色、表達了作者的很多重要思想嗎?這種注釋又何需指明什麼頁碼呢?
4、參考文獻與注釋在文中的位置如何安排?
基本無異議的，參考文獻一般附於文末。注釋則不然，可以排在頁末，即“腳註”;也可以排在文中，即“夾注”;還可以排在文末，即“章節附注”。《中國高等學校社會科學學報編排規範》(修訂版)即針對不同內容的注釋，分別做出規定：“篇名、作者注置於當頁地腳;對文內有關特定內容的注釋可夾在文內(加圓括弧)，也可排在當頁地腳或文末。” 《中國高等學校自然科學學報編排規範》(修訂版)對此略有區別：“能在文章內用括弧注釋的，儘量不單獨列出”;不隨文列出的注釋，則在需要注釋的詞、詞組或語句的右上角標註符號，“注釋內容應置於該頁地腳，並用正線與正文隔開。”《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》則規定：參考文獻“一般集中列表於文未”;注釋“一般排印在該頁地腳”。另外，當注釋與參考文獻同時置於文末時，注釋應放在參考文獻的前面。
至於具體如何操作，我們認為應具體問題具體分析，因為各種做法原本各有優長。以各種形式的注釋為例，“就節省空間而言，文中注相對有利;就閱讀本身的視覺快感而言，章節附注顯得“目無遮蔽”;但就學術論文的閱讀和使用本身的效率而言，還是腳註更加“腳踏實地”，而且讀者在閱讀正文的同時就可相互參照，箇中人都知道，正文與注釋同頁，一旦稍有問題即無可遁形，其實會大有利於促進學術研究本身的嚴謹性與自律性，也有利於客觀公正的學術批評的進一步展開。”
總之，科研論文中的參考文獻與注釋是其重要組成部分，特別“參考文獻是對期刊論文引文進行統計和分析的重要信息源之一”。因此，“以國際、國家有關標準為依據，並充分考慮了與國內各學術期刊研究團體的有關規範化檔案的一致性，按照簡明、易行、實用，有利於計算機處理和保證數據準確檢索與統計的原則”，對科研論文中參考文獻與注釋的注錄做出明確、清晰的規定並具體實施，確實還是很有實際意義的。