根據國家有關規定，我國黨政檔案實行統一管理的原則。因此一個機關一個年度內的公文按照組織機構標準分類的步驟是：將公文分成黨、政、工、團等四大類別；在四大類別中每一類別再按組織機構繼續分類。這種分類的結果，使一個機關的黨、工、團等組織的公文與各行政、業務部門的公文分開，文秘部門（辦公室）的公文與業務部門的公文分開，各內部機構的公文也相互分開，各自形成不同的類別，按組織機構的性質從各個方面層次清楚地反映整個機關各項工作活動的歷史面貌。
在按組織機構分類時，要注意把握好立卷點的深度，一般不要將立卷點確定在最基層的執行層，而應該根據文書工作的組織形式，將立卷點確定在能掌握本部門公文運轉，控制本部門公文信息的機構層次上。
（三）分問題
分問題，就是按照公文內容所反映的問題特徵來劃分類別。
問題分類，可以使性質、內容相同的公文相對集中，較好地保持同一問題公文之間的聯繫性，為利用者提供關於某一問題、事件或人物等的系統、完整的公文信息。減少或避免了同一問題公文的分散現象。
在選用問題分類時，特別要考慮使用的機關對象和分類層次。由於人們知識水平不同，認識事物的角度不同，對同一“問題”的看法各異，往往更多地摻入了個人主觀成分在內，致使同一份公文產生的分類結果也可能出現多種歸類，使分類時難以給公文準確定位。因此問題分類的方法，適用於第三、四層次的分類標準，通常在組織機構分類下使用。適宜在第一層次採用問題分類的，往往是一些內部機構設定比較簡單或者不太穩定、機構分工不明確而且公文數量較少的機關。一些大、中型組織機關，其內部組織機構較多且相對穩定，各部門職能相對獨立，公文數量較多，應該採取先按組織機構分類，再接問題分類的方法，一般不要輕易打亂組織機構採取問題分類。
問題分類時應遵循問題的伸縮性規律。每一個機構對本部門產生和處理的公文總是有主有從、有多有少，立卷時應根據具體情況，靈活掌握。公文多時，可將一個大問題分解為幾個小的具體問題；公文少時，又可以把幾個具體的問題概括為一個大問題。
（四）分保管期限
即按照公文的保存價值的不同，將公文劃分成不同的類別。分保管期限，通常是在同一個問題之下進行，一般不作為一個機關第一層次的分類標準。
保管期限，是根據各類公文客觀存在的保存價值確定。國家檔案局《關於機關檔案保管期限的規定》將應歸檔公文的保管期限確定為永久、長期（16～50年）和短期（15年以下）三種期限。這三種期限只是一個大致的規定，各個機關在具體的工作中根據本機關的地位、職能和業務活動等客觀情況，制定出更加詳細，準確的保管期限表。如有必要，還可以針對公文具體情況，將長期、短期的保存時間劃分得更準確、更具體，如 5年、XX年、20年、25年等。
分保管期限時，應該密切注意同一問題公文的完整性。由於公文自身的真實記錄性、原始性，決定了公文的價值（對現行機關的現實憑證價值和對歷史的參考價值）。劃分保管期限應該以此為依據。同時公文的價值往往不是單份公文能體現的，更多是在相互聯繫的一組公文中展現。這是公文形成的聯繫性所決定的，因此在立卷時應維護同一問題公文的完整性。一般情況下，機關公文完整程度較高，劃分保管期限應從嚴，反之，則應適當提高殘存的不完整公文的保管期限，從寬處理這些公文。