不受破壞的自然能夠保證資源永續，但卻不能帶來經濟繁榮，故只有採取科學的經營管理對生態環境實施保護與開發，才是實現兼顧生態效益與經濟效益的唯一途徑。
首先，景區開發與經營管理。生態旅遊資源的保護問題，關鍵在於規劃問題。規劃不當，就會出現各種資源破壞和環境污染問題。我們在規劃生態旅遊景區時，首先要堅持可持續發展與市場導向的原則，在深層次正確把握它，在具體操作中合適地套用它。這就必須做到以旅遊資源為基礎，以旅遊市場為導向，以可持續發展為目的。
生態旅遊經營管理，也是一個至關重要的問題。我國許多生態旅遊區，特別是自然保護區生態保護意識、設施建設和管理水平不高。由於旅遊季節集中和景點（區）的集中，人滿為患的現象已在一些保護區出現。加之一些風景區管理者的短視行為，為一時的經濟利益驅動，借生態旅遊之名，在自然景觀中濫建人造景觀，在自然保護區的核心區修建公路，破壞了景區的環境。據報導，全國100個省級以上自然保護區，已有22％的自然保護區由於開展生態旅遊而造成保護對象的破壞，11％出現旅遊資源退化。加強生態旅遊景區的經營管理，可以逐步解決這些問題。
其次，注重旅遊者管理。生態旅遊既是一種旅遊方式，又是一種管理模式。學術界認為生態旅遊者至少應具備兩個特徵：生態旅遊者的旅遊動機是為了享受自然、認識自然、了解自然、親近自然；生態旅遊者必須負有一定的環境保護責任。而目前不少人對此了解不夠，在景區亂扔垃圾、亂塗亂畫、亂踩濫踏。隨著實踐，我們相信會有越來越多的人認識到生態旅遊與資源保護的真正含義。目前，因為考慮到景區旅遊資源的保護問題和資源自身的容納極限，已有一些景區九寨溝等明確提出控制遊人數量，減少開放時間。大石圍天坑群風景區早在開放前期就提出“除了腳印，什麼都不要留下；除了印象，什麼都不要帶走”，以此對遊人進行宣傳保護生態資源。
最後，注重導遊的重要作用。導遊是旅遊過程中的一個重要角色，可以積極、直接地規範和引導遊人的行為與活動。當前樂業旅遊景區的導遊素質也是生態旅遊管理的一個薄弱環節。許多導遊沒有受過專業訓練，一些導遊除了把自然現象杜撰成神奇古怪的傳說外，不能把地質地貌的形成、動植物的分布及生態資源保護的意義等講解給遊客，達不到讓遊客認識自然、增強環保意識的目的。加強對導遊的素質培養，可以為保護樂業生態旅遊資源提供較好的宣傳視窗。
2.3生態旅遊資源開發的基本途徑
2.3.1循環經濟與生態工程
在一些地區目前實施的生態旅遊開發，除了產品的推出，整體系統的生態旅遊特徵並不突出，給人感覺生態旅遊只是一塊招牌。原因在於：一方面生態旅遊的開發缺少戰略高度，另一方面則是生態旅遊的開發需要正確的途徑。當前，國家十分重視科教興國，重視循環經濟的發展，突出科技在經濟和社會發展過程中的引領作用。因此，要確保生態旅遊戰略目標的實現，其基本途徑就是循環經濟和生態工程。
旅遊是一種消費行為，傳統的“吃、住、行、游、購、娛”旅遊六要素都與消耗能源和資源關係密切。循環經濟是一種以資源的高效利用和循環利用為核心，以“減量化、再利用、資源化”為原則，以低消耗、低排放、高效率為基本特徵，符合可持續發展理念的經濟成長模式，是對“大量生產、大量消費、大量廢棄”的傳統增長模式的根本變革。生態旅遊的發展，並不是要抑制旅遊者的消費，而是注重提倡生態保護的理念，提倡合理消費，自覺注重消費過程中的環保；在社會消費環節，要大力提倡綠色消費。樹立可持續的消費觀，提倡健康文明、有利於節約資源和保護環境的生活方式與消費方式；鼓勵使用綠色產品，如低能耗標識產品、節能節水認證產品和環境標誌產品等；抵制過度包裝等浪費資源的行為；政府機構要發揮帶頭作用；把節能、節水、節材、節糧、垃圾分類回收、減少一次性用品的使用逐步變成每個公民的自覺行動。