另外，原始憑證的內容、結算方式、資金流向與對方單位等處都可能存在著異常，查賬人員都要予以注意。
記賬憑證，是根據審核無誤的原始憑證加以歸類整理後編制的，是作為登記會計賬簿依據的會計憑證。記賬憑證的審查，就是審核已填好的會計憑證的內容，是否符合現行會計制度，財務管理制度和憑證填制的規定及要求，證實企業單位在會計核算上有無弄虛作假、徇私舞弊等問題。其基本項目有：
（1） 記賬憑證的基本要素是否完整，有無缺少和空白，主要看填制日期、編號、業務內容摘要、附原始憑證張數、會計科目等是否清楚，準確；
（2） 審查各級負責人和有關經辦人的蓋章是否齊全；
（3） 符合記賬憑證的單價、數量和明細金額、合計金額是否準確，有無多記，少記和誤記；
（4） 與原始憑證核對，，使其數量、金額、摘要等是否一致。
在初步審閱的基礎上，如發現了異常或疑點，應立即講記賬憑證的可疑之處或疑點與原始憑證進行核對，這也是對記賬憑證的進一步檢查。核對的內容主要是核對會計科目核算的經濟內容與原始憑證是否想否，記賬憑證中的借貸方金額，是否與原始憑證相符，特別是對附有多張原始憑證的情形，應對其加總驗證，不但要核對數量、金額，而且要核對業務內容，憑證張數、業務發生的時間等。如果發現了明顯的矛盾審計人員應進一步查詢。查詢是指查賬人員針對記賬憑證中出現的異常和可疑之處，向被查單位有關人員進行詢問，要求其給出充分的理由及證據。
在記賬憑證的檢查中，查賬人員還應當綜合使用其他的技術方法：
（1） 使用比較分析法，對原始憑證和記賬憑證填制的時間，業務發生地點、所涉及的數量、金額等進行分析，可以對比其他正常業務憑證，找出可以憑證的破綻；對比發生誤差的憑證，()找出錯誤和五筆的共性。
（2） 使用經驗判斷法，分析和判斷記賬憑證錯誤和舞弊的動因和根源，界定其對相關業務及會計資料的影響。
上述方法只是發現問題的最基本、最基礎的方法，要真正發現企業的財務問題，僅這些工作是遠遠不夠的，還要做更進一步的分析與研究。
第一，在檢查過程中，檢查人員的視野要開闊，思維要敏捷，對分析和判斷被檢查單位可能存在的問題要有一定的靈性和悟性。特別是發現我問題疑點後，還需重點檢查一些可能與存在問題相關聯的容易疏忽的會計科目、核算環節及基礎資料。不能僅根據自己的習慣檢查自認為容易出問題的報表項目和會計科目，不能機械地實施常規的檢查程式，不能留檢查死角。要突破常規檢查的束縛，必要時需擴大或完善檢查範圍，或者根據實際情況實施一些具有針對性和特殊性的檢查程式，以防範可能存在的薄弱環節，儘量避免可能出現的檢查漏洞。
第二，檢查人員不能被檢查對象了解和熟悉檢查方法和預見到實施檢查的規律，不能被檢查對象輕易分析或研究出應對檢查的方法而鑽檢查的空子。因此，檢查人員一定要注意增強檢查範圍和檢查範圍的不可預見性，讓被檢查對象防不勝防，以保證檢查對象工作的順利開展，實現檢查效率和檢查效果的最大化。