（四）改革經費保障制度，完善運行補償機制。在嚴格界定鄉鎮衛生院功能和任務、核定人員編制、核定收支範圍和標準，轉變運行機制、績效考核的同時，及時落實按國家規定核定的基本建設、設備購置、人員經費和其承擔的公共衛生服務的業務經費，使其正常運轉。離退人員符合國家規定的離退休費用，在事業單位養老保險制度改革前，由市財政根據國家有關規定核定補助。
市財政局和衛生局按照“核定任務、核定收支、績效考核補助”的原則，共同對鄉鎮衛生院近3年的收支狀況進行測算，明確收支範圍和補助標準。根據核定的年度收支預算額度，按月預撥的方式撥付資金，並在對其任務完成情況、患者滿意程度等進行績效考核的基礎上，根據年終考核結果予以結算。鄉鎮衛生院核定的經常性收入不足以彌補核定的經常性支出時，差額部分通過其它渠道予以足額補助。對於政策性調、政策性醫療服務價格高於發生的支出差額，市財政應及時調整預算。切實加強衛生院收支監管，目前我市已實行衛生行政部門財務會計集中核算管理，今後逐步向實行財政國庫集中收付管理過渡。