2．明確職責分工。區環保局全面負責整治工作的組織實施，督查推進，考核驗收，牽頭負責整治行動涉及的企事業單位污染源的排查、企業雨污分流改造、污水處理設施改造、污水接管等工作。區水利局牽頭負責整治行動涉及的污水管網和泵站建設、水系溝通、河道清淤疏浚、岸坡的整理、河道長效保潔等工作，具體負責中心城區向東河整治。區農業局牽頭負責沿線畜禽養殖污染源的整治。區城管局配合安排整治過程中棄土垃圾等外運處置工作。區教育局牽頭負責協調涉及前黃中學內部雨污分流接管等工程的實施。區公共資源交易管理中心、住建局、交通局、城管局等部門應根據清水工程的特殊性，主動對項目提供報批業務指導，在審批環節開通“綠色通道”服務，簡化相關程式，並減免相關收費，為項目實施提供便捷高效的服務。區財政局負責落實相應整治補貼、資金核算、撥付和跟蹤審計等工作。其他河道整治工程按照屬地管理的原則，各相關鎮（開發區）負責具體實施。
3．嚴格工程管理。按照“依法、規範、有序、高效”的要求，嚴格執行工程項目招標、監理、跟蹤審計、質量追究制度，切實加強“質量、安全、工期、造價、文明”等方面的管理，確保“清水工程”建設優質安全，管理規範，廉潔高效。
4．強化資金保障。企事業、餐飲等排水戶分流接管工程建設資金由企事業單位各自承擔。各相關鎮（開發區）區域範圍內的河道整治資金由各鎮承擔；向東河污水管網工程資金由區水利局承擔。整治區域範圍內主管網建設，參照《關於全區城鎮污水處理工程建設與管理一體化的實施意見》檔案政策在管網收購時一併執行。河道清淤由區財政按5元/立方米標準補助相關鎮，駁岸工程由區財政按500元/米標準補助相關鎮（不含高新區、經發區）。畜禽養殖整治補貼按漕橋河整治標準執行。河道長效管護費用按《關於轉發區水利局關於進一步推進全區河道長效管護工作的實施意見的通知》要求執行。
5．加強督查考核。切實加強對清水工程河道整治工作的督查及考核工作，制定嚴格的工作目標責任制和責任考核體系。定期對“清水工程”進展進行督查和通報，對照目標任務完成情況進行專項考核，對於整治完成情況較好的單位和個人給予獎勵。