我國運動醫學起步於廿世紀50年代中期，1956年前蘇聯專家來華舉辦“醫師督導班”、“體育衛生班”，為我國培養了第一批運動醫學的專業人才，他們成為我國運動醫學事業的拓荒者和奠基人，開創了新中國的運動醫學事業。我國於1958年成立了國家體育總局體育科學研究所，1959年成立了現北京大學醫學部運動醫學研究所，1978年中國運動醫學會成立，1980年9月22日中國運動醫學會加入國際運動醫學聯合會。
在50年代中後期我國一些醫學院校和體育院校開設了“運動保健學”課程，“文革”時期是我國運動醫學事業的停滯階段，“運動保健學”課程也被“三合一”(運動解剖學、運動生理學、運動保健學)的“運動生理衛生”課程所取代。文革後，百廢俱興，全國高等院校體育專業都開設了運動醫學課程，並由體育院校編寫了“運動醫學”教材(1978年)。
80年代初，教育部對全國普通高等學校體育教育專業(本科)教學計畫進行全面修定時，考慮到“運動醫學”課程的主要任務是研究、解決在競技體育領域中與運動訓練、競賽有關的醫學問題，是為運動訓練管理專業培養高水平教練員、運動員服務的，而體育教育專業主要是培養合格的中等學校體育師資，是屬於培養民眾體育、學校體育方面的高級體育人才。因此，根據專業教學計畫在課程設定中，應緊密圍繞培養目標的總體要求，在體育教育專業的教學計畫中終止了“運動醫學”課程，新設了“體育保健學”課程。
在這樣的一個新的歷史時期背景條件下，體育保健學這門新興學科誕生了。同時，國務院學位委員會在學科設定中，也增設了“體育保健學”這門新的二級學科。
體育保健學於廿世紀80年代初面世後，由浙江大學、揚州大學、福建師範大學、東北師範大學、首都體育學院的學科教師在廣泛調研、反覆研討的基礎上，於1984年制定了第一部部頒“體育保健學教學大綱”，從此確立了體育保健學的學科體系，1987年由高教出版社出版了全國體育教育專業(本科)通用教材《體育保健學》(第一版)。1997年和XX年又相繼由高教出版社出版了《體育保健學》第二、三版教材。至此，標誌著體育保健學與其它相關學科一樣，逐步走向成熟。
體育保健學與運動醫學在歷史上有著淵源的關係，學科上有著相似的體系，但它們各自研究的對象、內容與任務卻又各有不同。簡言之，體育保健學是屬於民眾體育研究的範疇，是為推動全民健身計畫綱要的實施服務的，而運動醫學是屬於競技體育研究的範疇是為落實奧運爭光戰略服務的。當然，任何一個學科也不會絕然孤立地存在，體育保健學與運動醫學以及其它相關學科也都是相互交叉、滲透的。隨著XX年北京奧運會的申辦成功，中等學校中傳統體育運動項目的開展，高等學校高水平運動隊的發展，學校競技體育人才的培養，也自然會賦予體育保健學以更新的研究課題。
學習“體育保健學”必須堅持辯證唯物主義的思想、觀點和方法。正確樹立人體結構與機能之間的辯證關係，結構與機能二者之間相互依存，相互制約，結構決定功能，而功能的運用也會對結構產生影響，例如人體的肩(盂肱)關節，從解剖學結構上看，它是一個懸垂球窩關節，可以圍繞三個方向軸運動;關節囊鬆弛;周圍韌帶薄弱;關節面差大。因此，反映到功能上它是一個靈活度很大的關節，可以做大範圍的轉肩運動，但是它同時在解剖學結構上存在著關節不夠牢固的弱點，因此，在大幅度轉肩動作比較多的投擲、體操、排球、網球、羽毛球、游泳等運動項目訓練中，肩部損傷的發病率就比較高，根據肩(盂肱)關節這一結構與機能對立統一的觀點來看，在專項技術訓練中，就要科學合理地安排好肩部的局部負荷量，克服“單打一”的訓練方法，並有意識地加強其肩部、肩袖肌肉力量練習，來加強肩(盂肱)關節的穩定，使之既靈活又牢固。