市委農辦、市發改委：負責本系統防汛抗旱搶險救災工作。
市經貿委：負責協調企業防汛防旱工作；負責災區重要商品市場運行和供求形勢的監控，負責協調防汛抗旱救災和災後重建物資的組織供應。
市委宣傳部：負責防汛防旱宣傳報導的組織協調和監督管理。
市教育局：負責學校防汛防台安全的監督管理，指導學校開展防災減災知識宣傳，提高師生防災減災意識和自救能力。
市廣電總台、《溫州日報》社：負責及時向公眾發布市防汛指揮部和氣象、海洋、水文部門的台情、汛情、旱情信息，做好防汛防旱工作的宣傳報導。
市公安局：負責維護防汛防台交通、抗洪搶險秩序和災區社會治安工作；防汛防台緊急期間，協助組織民眾撤離和轉移；打擊盜竊、搶劫防汛防旱物資和破壞水利工程設施的犯罪行為，做好防汛防旱的治安和保衛工作。
溫州電業局：負責排澇、抗旱用電的供應，負責所屬水電廠的防汛防台安全管理；在汛期，督促所屬水電廠嚴格執行控制運行計畫，服從市防指調度；及時搶修水毀電力設施，保障電力供應。
市交通局：負責督促、指導道路、水路運輸企業，港口企業，各級公路部門和交通在建工程的防台避風工作；組織、協調公路、水路防汛防旱搶險重點物資運輸；組織修復水毀公路和及時協調、疏通航道；及時提供交通系統水旱災害損失情況。
電信溫州市分公司、移動溫州分公司、網通溫州市分公司、聯通溫州分公司、鐵通溫州分公司：確保市委、市政府和市防汛指揮部的命令及汛情、險情、災情通訊暢通。
溫州海事局：承擔海事防台分指揮部日常工作，及時向市防指提供各地運輸、工程等船舶歸港避風數量，及其分布情況。負責組織、協調、指揮溫州沿海內港水域、船舶、設施等的防台工作。
市港航管理局：負責指導督促水上運輸企業和港口企業的防台避風工作，保護各企業和碼頭的安全，必要時協助公安、海事部門實施水上交通管制。
市海洋與漁業局：負責協助地方政府做好漁船和沿海水產養殖防台避風工作。
市糧食局：負責糧庫防汛防台保全工作，做好救濟糧的發放工作。
市衛生局：負責災區衛生防疫和醫療救護工作；實施救災防病預案，預防疾病流行。
市民政局：組織、協調全市水旱災害的救助和救濟工作，負責救災捐贈工作；及時向市防汛指揮部提供水旱災情信息；指導災區各級政府做好民眾的基本生活保障工作。
市農業局：負責農業防汛防旱和災後農業救災恢復生產技術指導；負責市級抗災種子儲備和區域性應急調用安排。
市財政局：負責及時籌集和下達防汛防旱專項資金，並加強資金使用的監督管理。
市建設局：負責建築工地防汛防台安全生產監督管理。
市市政園林局：負責城市防台防洪分指揮部日常工作，及時向市防指提供市政園林系統在建工程、危房、工棚和戶外廣告牌等可能危及防汛安全的建築物和附屬設施的分布情況，及其棲居人員數量、分布和安全措施落實情況。負責做好市政園林系統城市防台、防風、防澇及旱期的城市供水工作。
市市級機關事務管理局：負責行政管理中心防汛工作；負責抗洪救災期間市防汛指揮部的後勤保障工作。
市房管局：負責做好危房居住人員的安全轉移工作；督促房屋拆遷人做好拆遷房和騰空房屋、棲居人員的安全轉移；指導、監督物業公司做好防汛防台工作。